虹膜的颜色取决于虹膜含色素的多少，不同人种，虹膜颜色不一样。有色人种的虹膜含色素较多、呈棕黄色。白色人种因虹膜色素较少，呈浅黄色或浅蓝色。
虹膜发生病变、眼外伤或白内障摘除等内眼手术损伤虹膜时，可导致虹膜脱色素、颜色变浅，可表现为双眼虹膜颜色不一。
长期应用某些眼药（如曲伏前列素滴眼液），可以引起虹膜颜色加深。
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