灰色的果实总共有5条线，每条线分别有一个Good End和一个Bad End
入巢莳菜：
BE：男主射杀了莳菜的母亲，但被随后赶来的保安打成重伤，第二天和莳菜碰面时由于伤势过重死在莳菜怀中。
GE：男主最后关头犹豫，没能射杀莳菜的母亲，被随后赶来的保安击伤，第二天和莳菜汇合后两人逃往外地，最后莳菜开了一家面包店，同时继承了男主9029的称号，闲暇之余执行暗杀任务。
周防天音：
BE：两人选择分开逃跑，男主被犯人击伤，天音挺身而出袭击犯人，但被打成重伤。男主最后成功杀死犯人，但天音死在他怀中。
GE：两人选择一起逃跑，男主设计戳瞎了犯人的眼睛，制服了犯人。犯人于一周后死于“事故”。男主和天音结婚，有了女儿，女儿后来也嫁人了，有了孙女。男主若干年后死于癌症，又过了几年，天音也在安详的表情中辞世。
小岭幸：
BE：幸觉得只有杀死自己才能彻底结束对母亲苏醒的恐惧，但是她下不了手，她冲出病房，结果像当年自己的父母一样被车撞死了。
GE：幸觉得只有杀死母亲才能彻底结束对母亲苏醒的恐惧，但是她下不了手，男主带她去了老家，结果她发现父母已经将机器全部卖掉，将仓库里贴满了充满三人幸福回忆的照片，并且给她留了一封信，他们已经换了工作，这样以纤谨后就能有更多时间陪她。幸终于明白原来自己一直被父母深爱着。
松岛满：
BE：小满去了医院之后突然有自杀倾向，饮入过量安眠药，虽然及时发现捡回一条命，但对大脑造成永久损伤，对一切事物都变得麻木。
GE：小满决定抹杀自己本来的人格，让另一个人格接管她的身体。男主强行唤醒她本来的人格，用假死的方式让她体会到死亡并不是一切的终结，永远不要选择逃避。最后小满两个人格都存活下来，同时还去看望了另一个人格生前的母亲。
榊由美子：
BE：两人选择继续逃亡。在逃亡了两年之后，由美子的父亲放弃了对他们的追逐，另外找了一扒竖滚个人做继承人，同时断绝了和由美子的父女关系。两人结婚生女，男主向由美子保证有朝一日让她和父亲和好。
GE：两人选择直面对抗。男主大胆地带着由美子回到学校，用商战的方式剥夺了由美子父亲在公司的职位，这样他就失去了让由美子强行继承的意义。
由美子父亲最后选择将资产全部转移给女儿，由美子拿着这笔钱创办了自己的企业，成为了明星企业家。两年后，男主去看望由美子父亲，告诉他有朝一日由美子也能拯救她。5年后，两人带着女儿外出写生，提到了和由美子父亲已经和好的事实。
灰色的果实的剧情：
在儿时父母因为姐姐风见一姬有着超高的绘画天赋而宠爱她，但却对风见雄二很冷淡，只有风见一姬可怜他（并且暗恋他）。
但是风见一姬数年前由于事故失踪（后来成为了塔纳托斯系统的一部分），使原本对她有这种大期望的父亲成天喝酒，还经常因为断了酒打风见雄二和他母亲，让他母亲带着风见雄二离开了父亲。
但是第二年，风见雄二的父亲又找到了他们母子，在情急之下风见雄二用酒瓶打死了他父亲，母亲为了保护他写下了遗书并自杀。在医院里的风见雄二被恐怖分子希斯·奥斯陆收养，并每天扮着风见一姬的样子。
在希斯·奥斯陆发现风见雄二杀人的潜能后把他送到了自己建立的恐怖分子培训学校参与培训，毕业后根据希斯·奥斯陆的指示到处杀人，被情报局名为“恐怖孩子1号”。再一次对希斯·奥斯陆的围攻中，特警日下部麻子发现了雄二（希斯·奥斯陆逃走），并收养了他。
不过麻子在灰色的迷宫中因病（旧伤引发）逝世，雄二根据自己的意愿加入了“会社”的“扫除人”，获得了“9029”的称号。之后参加美国海军陆战队，认识了一些在日后会帮助他的朋友。在参军结束后因想要过正常的生活来到了美滨学园。
来到美滨学园后，与学园内的五名美少女相遇。雄二在与她们的相处中知晓了她们那埋藏心底的过去经历，并从心灵上给予他们救赎。好景不长，他曾经的养父希斯奥斯陆携带着核武器来到了日本，目标是塔纳托斯系统。
雄二奉命去狙击希斯奥斯陆，可是失败了，于是他被日本政府软禁起来作为与奥斯陆谈判的筹码。随后学园内的五名美少女在塔纳托斯小姐的帮助下成功救出了雄二，但是雄二为了和自己的过去彻底诀别，亲自去杀奥斯陆。
虽然成功干掉了奥斯陆，雄二也受了重伤。在医院躺了两年后，他回到了太平洋上的麻子留给自己的小岛，和后宫成员们度过后面的人生。在灰色的乐园结局，和松岛满育有春余一女。
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