子宫囊肿绝大多数情况下是宫颈的生理性变化，部分是病理性变化。
新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞，导致腺体分泌物引流受阻、潴留形成的囊肿。
病理性是由于子宫局部损伤或炎症导致的管口狭窄也会形成子宫囊肿。
1、生理性变化：新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞，使腺管变窄甚至阻塞，腺体分泌物不能流出形成子宫颈腺囊肿。
2、病理性变化：少数是由于长期的慢性炎症刺激引起的，还有由于宫颈局部损伤或者宫颈腺管受到挤压，使分泌物堵塞在腺口，而引起的囊肿。
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