甲硝唑副作用还是比较多的，15%到30%的病历可以出现不良反应，以消化道反应最为常见，包括恶心，呕吐，食欲不振，腹部绞疼，一般不影响治疗。
神经系统症状有头疼，眩晕，偶尔的会有感觉异常，肢体麻木，共济失调，多发性神经炎等。大剂量的甲硝唑可以导致抽搐，还有少数的病例会发生荨麻疹，潮红，瘙痒，膀胱炎，排尿困难，口中金属味及白细胞减少等。这些副作用虽然非常多，但是均属于可逆性，停药后可以自行的恢复。
除了以上介绍的这些副作用之外，甲硝唑可以对诊断造成干扰，它的代谢产物可以使尿液呈深红色。如果原有肝脏疾患，剂量应该减少，出现共济失调或者其他中枢神经系统症状时，应该停药，重复一个疗程之前应该做白细胞计数，厌氧菌感染合并肾功能衰竭的，给药的间隔时间应由8小时延长到12小时。
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