印度是个宗教盛行的国家，教派门类繁多，民族矛盾由来已久。17世纪初英国人开始涉足南亚次大陆，英国殖民统治加深了印穆民族矛盾。印巴分治之前，国内党派之间争斗使民族矛盾进一步激化。第二次世界大战结束后，英国政府在决定印度民族独立时继续实行分而治之的政策，不顾民族感情，随心所欲地划定印巴两国疆界，导致克什米尔问题悬而未决。半个世纪以来，克什米尔成了印巴两国争夺的焦点。印巴长期对峙局面难以改观。
印巴克什米尔争端可说是英国仓促撤离印度次大陆的一个悲剧性结果。印巴正式分立时，克什米尔邦的归属仍未确定，这就使得争端有了产生的可能。克什米尔王公宣布加入印度后，由于土邦归属原则的不明确性，加之印度在土邦归并问题上执行双重标准，巴基斯坦因而拒绝承认加入有效。从根本上说，导致克什米尔争端产生的原因是克什米尔在政治、安全方面对印巴两国的极端重要性，双方都不愿放弃，或说是不能失去。
纵观印巴两国长达半个多世纪的矛盾纷争，概括起来可分为三个主要方面:即克什米尔问题、恒河河水问题和东巴(今孟加拉国)问题。
第一、克什米尔问题
1947年8月14日巴基斯坦自治领宣布成立，领土包括西巴(今巴基斯坦国)和东巴(今孟加拉国)。位于巴基斯坦北部，印度、中国和阿富汗之间、战略位置非常重要的克什米尔地区，有500万人，其中77%是穆斯林，20%人口信奉印度教。据“蒙巴顿方案”规定:穆斯林占多数的地区划归巴基斯坦，但对克什米尔地区的归属规定可由当地人民自由选择。双方争执不下，于1947年10月发生武装冲突。在联合国的干预下，1949年元旦印巴停火，7月划定停火线，印度占据了该地2/3地区和3/4的人口。1965年9月，印度利用该地紧张局势，向巴基斯坦发动武装进攻，遭到巴基斯坦的反击，后通过联合国调解，印巴又宣布停火。
第二、恒河河水争端
印巴分治后，恒河上游归印度，下游归东巴，印方不顾巴方反对，在离恒河流入东巴边界20千米处修筑了一座大水坝，使恒河河水的的65%不能流入东巴，严重地影响了农田灌溉和居民用水。印巴双方为此举行过多次会谈，均无结果。
第三、东巴问题
巴基斯坦自治领宣布成立时，东巴便是巴基斯坦领土的一部分。长期以来由于东巴是一块和西巴相距几千里之遥而且被印度三面环绕的“飞地”，其内政时常受到印度政府的干涉。1971年3月，印度议会通过了印度总理提出的关于“声援东孟加拉人民”的提案，公开表示支持东巴基斯坦的分裂活动，公开干涉巴基斯坦的内政。11月出兵进犯东巴，12月又出兵侵略西巴，印巴战争全面爆发。印军很快占领东巴首府达卡，在联合国的斡旋和干预下，印巴双方签定停火协议。后来前苏联在联合国安理会上提出使印度对东巴军事占领及其傀儡政权合法化的提案，不久东巴宣布与巴基斯坦脱离关系，成立了独立的孟加拉国。
印巴分治及三次大规模的武装冲突使印巴两国成了敌对国。长期以来，令人遗憾的是两国都没有采取温和、克制的和平方式来化解积怨甚深的矛盾。相反，时至今日，两国仍将国民收入一大部分用于国防和核武器军备竞赛，这不但没有缓和两国之间的矛盾，反而使之愈演愈烈。国际社会对核武器试验的经济制裁，也将会影响到两国的经济发展。
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