衣原体可以导致泌尿系感染，患者可以出现尿急、尿频、尿痛的症状，有些患者可以伴有发热的症状。男性感染衣原体可以发生附睾炎、前列腺炎，患者可以出现睾丸部位的疼痛。前列腺炎的患者可能会出现会阴部位的不适。
女性患者还可以发生生殖系统的感染，可以表现为阴道瘙痒、疼痛，子宫发炎可以出现腹痛的症状。衣原体还可以导致肺炎，发生肺炎的患者可以出现发热、咳嗽等症状。衣原体可以导致患者发生结膜炎，患者可以出现眼痛、流泪的症状。
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