蛇类雌雄异体，体内授精，卵生或卵胎生。蛇具有成对的交配囊，类似两个口袋，位于泄殖腔内两侧。泄殖腔壁上分布有丰富的血管。在交配前，由于性刺激交配囊的血管充血，迅速翻转，突出泄殖腔外，形成顶端略为分叉的圆柱状阴茎。它内侧纵沟愈合成细长的管道，输送精子。通常雄蛇两个交配囊，轮流使用。每次只有一个交配囊突出泄殖腔外进行交配。蛇的生殖方式有两种，卵生和卵胎生。大多数蛇特别是毒蛇行卵生。如眼镜蛇每胎产卵20枚左右，卵呈椭圆形，长径3、2cm，短径2、2cm。
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