境内土地资源以土地、戈壁、荒滩为主，耕地少。全市总面积1.61万平方公里，其中山地面积有0.97万平方公里，约占总面积的65%；戈壁、荒漠面积0.28万平方公里，占总面积的18.7%；绿洲面积0.23万平方公里，占15.6%。境内土壤有机含量低，质地较粘重，结构性差，缺磷，少氮，钾较丰富，以灌淤土为主，潮土，棕色荒漠土，盐土，水积土也占有较大面积，全市共有耕地面积26万多亩。境内植被稀少，覆盖率较低，植被以农作物及牧草，人工林为主。自然森林较少。全市森林面积40.72万亩，草场面积1487万亩，天然森林和草场多分布在北部中高山区。境内天然水资源7.376亿立方米，其中地下水3.148亿立方米，地表水4.228亿立方米；年引水量3.64亿立方米，其中引用地表水3.22亿立方米，引用地下水0.42亿立方米。博古孜河和恰克玛克河是市境两大主要水系。
阿图什市矿产资源和野生的植物资源丰富。矿产资源中，已探明的金属矿有铁、钛、钡、铜 、金、铅、锌等十多种，矿产资源有湖盐、煤、磷、碳石、大理石、云母、水晶石、萤虫等；野生动物分布区广，种类繁多，共有60余种，列入国家重点保护范围的有棕熊、仙鹤、猞猁、雪豹、长尾雉、天鹅、盘羊、狼獾、扫雪等十多种；药用植物有党参、车前、青兰、独活、阿魏、紫草、麻黄、野红花、黄连等。
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