新的钢炼，也就是所谓第二季是跟漫画同步的，既主线故事~~但原来的版本（就是你说的03，04的），后半段内容已经完全脱离了原作内容，是原创内容，并不是漫画的真正内容~~新一季的故事和原来那个在时间上是没有延续的~~完全是重新制作的按照漫画来同步的动画~他们之间在内容是没有关系的
新一季的钢炼制作公司依然是BONES，cast方面，朴璐美+钉宫理惠的兄弟组合没有丝毫改变，但是罗伊大佐，温丽，莉莎这样的重要配角就进行了大换血
新的FA与03版老钢炼没有直接关系，03版的动画是当时制作组原创的同人，这个FA是漫画根据剧情发展重新制作的，属于比较“正版”，如果没有看过漫画的话可能会觉得有点怪，因为毕竟剧情根本不一样，建议楼主去看下漫画，就好理解多了。
03版钢炼因为漫画原著速度问题，因此在20多集以后（包括剧场版）就变为全原创（比如03版人造人为人体炼成失败的产物，而漫画则是“父亲大人”为追求“完美”而舍弃的一种人类情感，通过贤者之石造出的“人类”），因此你可以把03版钢炼当成官方同人来看待。而FA则是09年新番动画，剧情忠于原作，（除第一集为原创外），现在完全跟着漫画走，和03版剧情后半段完全没有关系。个人推荐你去看漫画，FA速度太快了，漫画中的一些经典都没出现。
03版的钢炼完全没有跟着漫画的剧情走，剧情发展较慢
今年的FA跟着漫画的剧情，我感觉FA比较赶剧情
还有画风也不一样了，像爱德、大佐、温蒂完全有了变化
FA只是从新演了一遍，把漫画改成动画，和第一季的一点关系都没有。
钢之炼金术师FA（2009年）是完全按漫画剧情来的
钢之炼金术师（2003年）后面是原创的剧情
钢之炼金术师只有前几集是按原漫画制作的，后面都是动画公司自己创作的剧情，而FA是完全按照漫画原作制作的，剧情更严谨，这两部差别很大，可以当做两部完全不同的动漫来看待了，各有各的好处吧，FA里有些人物，老版的钢炼里也没有
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