磷酸氯喹是抗疟药。磷酸氯喹常用于治疗对氯喹敏感的恶性疟、间日疟和三日疟，也用于抑制疟疾症状的预防，还可用于肠外阿米巴病、光敏性疾病等，如日晒红斑等。
在新冠病毒肺炎爆发期间，磷酸氯喹对于治疗新型冠状病毒肺炎也具有一定的疗效。但由于磷酸氯喹的副作用较大，特别是对心脏有明显毒性，严重时会出现心脏骤停，因此十八岁以上的成人及无心脏基础疾病的病人服用磷酸氯喹。
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