早在40年代我院就已开展病理工作，1946年11月病理学专家吴在东教授来我院主持病理工作，成立了病理室直至1953年。1953年正式成立病理科，是当时国内医院中最早成立的病理科之一，是华东军区所属的医院中唯一的病理科。除承担本院工作外，还承担军区内各医院及南京地区医院的病理检查诊断工作。
经过50年的发展和建设，目前我科已发展成为国内同类医院中规模最大，专业水平较高，同时开展医教研全面工作的病理专业科室。2005年首批成为全军临床病理中心。吴在东教授（1905～1983）,我国著名的病理学家，我科创始人之一。早年留学英国和德国，1937年回国后先后在上海、南京、北京等地执教和工作。为发展我国病理事业做出了杰出的贡献。
[图片来源：南京军区总医院]人员与设备“中心”现有工作人员26人，其中博士3人、硕士6人，主任医师4名、副主任医师/技师10名。
担任中华病理学会委员，中国电镜学会常委及医学电镜专业组组长，全军医学科委会委员，全军病理专业委员会副主任委员，全军诊断病理专业组组长，江苏省病理学会主任委员，南京病理学会主任委员，《中华病理学杂志》编委，《临床与实验病理学杂志》副主编等。
科室现有高分辩透射电镜，进口超薄切片机，多功能电视显微镜，真彩色图像分析仪，原位PCR仪，FISH工作站，免疫组化全自动染色机等设备。
学科特色诊断病理本科除负责全院的常规病理诊断，还解决本市及外地来我院会诊的疑难病理切片的诊断，目前我科已进行30万例外科病理诊断，26万例细胞学检查，2875多例尸检，28937例电镜检查。目前年外检标本24000例，会诊3000例,细胞学标本30000例，电镜检查1000例。
肝脏病理拥有三万例肝穿标本，除各类病毒性肝炎外，还进行了其它各种肝病的研究。
心血管病理主要进行先天性心脏病及动脉粥样硬化，载脂蛋白在心血管病中的作用等项研究。消化道病理对胃粘膜活检病理诊断，消化道肿瘤病理、胆囊癌、胆囊息肉、腺瘤进行了大量的研究。超微病理为国内最早在医院中引进电子显微镜的单位，率先在国内开展电镜诊断，目前能开展各个系统疾病的电镜诊断。淋巴造血病理采用免疫组织化学、分子病理学等技术，对各种淋巴瘤，胸腺肿瘤进行了深入研究，获得多项重大科研成果。
神经病理对多发性硬化，各类胶质瘤，脑膜瘤，垂体瘤，进行了病理学研究。病理教学病理科长期以来担任大量医学生、研究生、博士后、实习医师和进修医师的培养教育工作。
现主管南京大学医学院七年制临床医学生病理学教学。截止2008年共接收来自全国各地的进修医师及技术人员484人。多次举办全国、全军各类学习班。学术交流近二十年先后有15人次去美国、日本、香港学习深造及访问研究。
李南云1992年完成了为期3年的中国与日本共同研究课题，应邀在日本新泻“脱髓鞘性脑疾病国际专题研讨会”上作大会论文报告。
1997年～1999年周晓军受军队公派至美国Texas州大学医学院病理学系进行学习，1997年～1998年周晓军、石群立、印洪林先后四次应邀到日本腾田保健医科大学病系合作进行淋巴瘤病理学研究。
1997年～1998年黄进去香港中文大学病理学部学习，1997年～1999年间石群立、吴波、李南云、张新华分别应邀到香港访问学习，2001年马捷、马恒辉受香港Lee氏基金资助到香港分别学习1年和半年，2006年石群立到美国OregonHealthandScienceUniversity做访问学者半年，2009年王建东到美国斯坦福大学访问学习。
先后有包括国际病理学执行主席P.W.Allen教授等十余名国际著名专家来我科访问。2000年国际著名病理学家陈国璋教授（JKC.Chen）应邀担任我科名誉教授。
病理科联系电话总机：80860192、80860193会诊室：8001分子室：8007电镜室：8011技术室：802
1、80861292细胞室：802
4、80860291南大北大楼研究生培养：我科现有博士生导师1人，硕士生导师4人。
现培养南京大学医学院外科学（病理）专业博士研究生和病理学与病理生理学硕士研究生，每年招收博士研究生2-3人，硕士研究生2－4人。
我科培养的研究生除具有一定的科研能力外，均受到良好的诊断病理训练，他们多数都在三级医院和高校工作，已毕业并获得学位的研究生有40余人。
欢迎报考我科研究生，有关事宜请访问南京大学研究生院网站（http://grawww.nju.edu.cn）。进修生办公室进修生培养：我科面向全国接受病理医师、技术员进修。每年招收进修生约20-30人。前半年安排进修医生从事常规病理工作，后半年在会诊室工作。
提高了进修医生对外检及疑难病例的诊断水平。
科室还定期安排老师授课，除各个系统的诊断病理外，还有细胞、技术和电镜课程；
此外，带教老师还会指导进修医生进行论文写作，我科进修医生进修期间大多都在核心期刊发表1－2篇论著。
欢迎来我科进修学习，有意来我科进修学习者请联系南京军区南京总医院病理科马捷主任（联系电话：025－80860193－800，邮政编码：210002）并在医院网站下载进修表（http://www.
njzy666.com/manage/editor/UploadFile/20091120020825906.doc），或联系南京军区南京总医院医务部科训科。
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