明朝最初沿袭元朝制度，设立中书省，置左、右丞相。洪武十三年(1380年)，胡惟庸案之后，明太祖朱元璋废除了中书省和宰相，分中书省之权归于六部。原中书省官属尽革，惟存中书舍人。同年九月，朱元璋设置四辅官，以儒士王本等为之。从明代起，由皇帝直接掌管六部百司的政务，实际上等于兼任宰相，把君主独断专行扩大到了顶峰。
明朝内阁是明朝建文四年(1402年)至崇祯十七年(1644年)的皇帝咨政机构，此后权力逐渐增大，后形成为明朝行政中枢。内阁辅臣的人数为一人至七人不等，辅臣奉使出外办事，多自称阁部。
起初，内阁大学士只具有顾问身份，皇帝为最终决定的权力，而大学士很少有参决的机会。到明仁宗、明宣宗时期，地位日益受尊崇。自此，内阁的权力日益增大，到明世宗中叶，夏言、严嵩等人执掌内阁，地位赫然为真正的宰相，亦可压制六部。
然而，虽然首席内阁大学士(或称内阁首辅)有票拟的权力，但却不得不依赖于内部太监送达批红。首辅大学士的职权如同以往的丞相，但必须与宦官合作，才能执掌大政，如张居正结合冯保。
雏形
明朝最初沿袭元朝制度，设立中书省，置左、右丞相。洪武十三年(1380年)，胡惟庸案之后，明太祖朱元璋废除了中书省和宰相，分中书省之权归于六部。原中书省官属尽革，惟存中书舍人。同年九月，朱元璋设置四辅官，以儒士王本等为之。从明代起，由皇帝直接掌管六部百司的政务，实际上等于兼任宰相，把君主独断专行扩大到了顶峰。
洪武十五年(1382年)，再次撤销，而仿照宋朝制度，设置华盖殿、武英殿、文渊阁、东阁诸大学士，其中礼部尚书邵质、检讨吴伯宗、翰林学士宋讷、典籍吴沉分别为四处大学士。
之后，又置文华殿大学士，征耆儒鲍恂、余诠、张长年等人担任，以辅导太子，品秩为正五品，其主要权力只是顾问。这就是内阁的雏形。
成立
建文年间，改大学士为学士，悉数罢免大学士，各设学士一人。此后改谨身殿为正心殿，设正心殿学士。明成祖朱棣虽有朱元璋一样独揽大权的雄才伟略，但一次又一次的御驾亲征让他不能真正意义上地总揽政事，于是一个帮助皇帝的“助手”机构——内阁应运而生。明成祖即位后，特派解缙、胡广、杨荣等入午门值文渊阁，参预机务，称为内阁。内阁制度至此建立。
过去，宰相拥有决策权、议政权和行政权，明成祖成立内阁以后，把原来宰相拥有的决策权牢牢把持在自己手中，议政权分给内阁，行政权分给六部。地方上分三司，分管司法、军事、行政，直接对六部负责。
在明成祖掌控之下，内阁与六部各司其职，国家最高行政命令从紫禁城发出，通过全国1936处驿站，全长143700公里的驿道，层层下发到国家每一个角落。
然而，“阁臣之预务自此始，然其时，入内阁者皆编、检、讲读之官，不置官属，不得专制诸司。诸司奏事，亦不得相关白。”也就是说内阁此时仍然只是皇帝的私人秘书，不是权力机构。
发展
永乐中期以后，内阁职权渐重，兼管六部尚书，成为皇帝的最高幕僚和决策机构。后明宣宗朱瞻基时期，权力开始上升(三杨辅政)，形成了更为完善的政务流程：全国大大小小的奏章，甚至老百姓给皇帝提出的建议，都由通政使司汇总，司礼监呈报皇帝过目，再交到内阁，内阁负责草拟处理意见，再由司礼监把意见呈报皇上批准，最后由六科校对下发。
1425仁宗朱高炽时，明仁宗因杨士奇、杨荣等为东宫旧臣，升杨士奇为礼部侍郎兼华盖殿大学士，杨荣为太常卿兼谨身殿大学士，之后杨士奇、杨荣等人均兼有尚书职位，虽然身居内阁，其头衔均以尚书为尊。自此，内阁权力加重，逐渐受到重视。
明代宗朱祁钰的景泰年间，王文以左都御史进吏部尚书后进入内阁，自此之后，诰敕房、制敕房俱设中书舍人，六部承奉意旨，内阁权力更大。虽有明英宗朱祁镇的正统末年的反复，可到成化年、弘治之际，内阁在已经成为足以对抗皇权的文官政府代表。
正德年间，明武宗朱厚照所行之事被认为多荒谬不经。可也有有杨廷和等阁老撑着，未成大乱。明世宗朱厚璁的嘉靖时，改华盖殿为中极殿，谨身殿为建极殿，将大学士的朝位班次，列在六部尚书之前，地位大大提高。明代之内阁大学士虽无宰相之名，实有宰相之权。到嘉靖二十一年，权臣严嵩任武英殿大学士后，专擅朝政二十余年，内阁的权力已经完全与从前的宰相一样了。
顶峰
经过嘉靖、隆庆的发展，万历早期应该是内阁权力极盛的时期，张居正改革让内阁成为政府运转的中枢，张居正的实际上已经接近于现代首相的地位。
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内阁大臣的建议是写在一张纸上，贴在奏章上面，这叫做“票拟”。而皇帝用红字做批示，称为“批红”。按照规定，皇帝仅仅批写几本，大多数的“批红”由司礼监的太监按照皇帝的意思代笔。以往，按大明祖制，太监读书识字是被严令禁止的。大明宣宗不仅改了这个规矩，而且在他的鼓励下，宫里还成立了专门的太监学堂。后人猜测：明宣宗这一做法，其目的就是让太监牵制内阁的权力。久而久之，一种奇怪的政治格局出现了。
明朝内廷、外廷的机构完全对称。外有内阁，内有司礼监，外有三法司，内有东厂、锦衣卫，外廷有派往地方的总督、巡抚，而内廷派往地方的也有镇守太监、守备太监等等。这样，内廷、外廷相互制约，才能确保皇帝的决策地位。但是，这也造成了内外两大政治势力的争权夺利。
北京紫禁城东部的这片建筑在大明朝叫做文渊阁。明朝的内阁就设在这里。在明朝万历年间，内阁首辅张居正让这个紫禁城里最不起眼的房子成为声名显赫的所在。在文渊阁办公的内阁成为实际上的政务决策者。
表面上，例行的政务流程似乎并没有改变，但决策权却出现了转移。张居正做到这点，理由是：首先，当时的大明万历皇帝还是个孩子，张居正身为皇帝的老师，很容易影响皇帝的决策。再者，万历帝的“批红”是在司礼监冯保指导下完成，而冯保跟张居正关系密切。内阁首相张居正把自己的意见授意他人，写成奏章，再由自己“票拟”赞同。幼年皇帝的批红自然毫无问题。
就这样，大臣的“奏章”，阁臣的“票拟”，皇帝的 “批红”，由内阁首辅张居正一手操控，达到空前一致。他的新政也就毫无障碍地顺利推进。其实张居正的新政推行的并不是十分顺利，改革必定面临利益冲突的争斗，而张本人、冯保、万历(实际上是万历生母)三个权力体系代表者协作，尤其是万历年幼，冯保、张居正素有交情，二人不对峙，使得张居正掌阁初期拥有绝对的权力，可是万历成人之后，情况则有了变化。 自明朝初期以来，明朝的政务中心就在紫禁城这几个地方转换，权力的交替，左右着明朝的国运。宫闱重重之中、争权夺权的阴谋时有发生。
通过明朝几代皇帝的努力，明朝曾经形成了一套完整的内阁政务体系，它在权力平衡方面堪称完善。
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明朝内阁制度有自己鲜明的特点。
形成时期长，而且始终没有取得法定的地位，始终不是中央一级正式的行政机构。
从永乐开始，历代皇帝都在不同程度上寄大政于内阁，皇帝“其不接见臣下而能统治天下者，以有阁臣票拟故耳”。但是，他们谁也不敢担当违反祖制的罪名，谁也不愿从已经取得彻底胜利的皇权中，又拿出一部分给阁臣分享。所以内阁进展缓慢，而且始终未能成为中央一级正式的行政机构。
内阁与皇权矛盾重重，又始终屈服在皇权的重压下。
阁臣与皇帝矛盾，除了反映为封还诏旨一类以外，很多反映为阁臣在中叶以后不断提出辞职。皇权与内阁矛盾，亦反映为明代阁臣善终者少，有政绩的不多。明代内阁权力不稳定，虽然有严嵩，张居正之显赫，但他们一是乘皇帝静摄而代行皇权。一般阁臣来说，由于基本上都是文学侍从之臣出身，入阁后权力之大小，只决定于票拟被采用的情况，所以呈现为不稳定，没有保障，没有连续性。
与汉、唐、宋相比，明代辅相的业绩并不显著，这一方面固然与入阁前之资历有关。汉、唐、宋之宰相都要经历郡邑，而明之阁臣却基本上出于翰林院。他们没有从政经验，不知民间疾苦，对政事自然难以提出切实可行的措施。但另一方面，则由于他们权力不稳定，被司礼监挤着，被皇权压着，即使有抱负也难于施展。
显然，这样的内阁只能助长皇权，而不可监督、约束皇权。有明一代，内阁始终未能成为对皇权的威胁，从这个角度来说，朱元璋废丞相的目的是达到了。
内阁受制于司礼监，矛盾深刻，但又不得不走司礼监的路子。
在中枢系统中，内阁有票拟权，司礼监有批朱权，是内外相维的双轨制。但双方地位的特殊性使内阁难以与司礼监抗衡，双方权力的大小，又是以皇帝的向背为转移而互相成比，因此，他们之间不可能有真正的相维相济，而只能有对权力的激烈争夺。皇帝宠信司礼时，司礼尽夺内阁权力，如刘瑾、魏忠贤时;否则就是权相出现，如严嵩、张居正时。
严嵩、张居正之显赫，还得讨好司礼监，就是明证。
综观有明一代，内阁对宦官之干政，虽亦起过一点制衡作用，如成化年间，由于阁臣一再坚持，汪直主持的西厂一度被撤。但总的来说，内阁是越来越受制于司礼。内阁为司礼监扼制，以致明代成了宦官为祸最烈的朝代。
内阁与六部经常互争雄长，矛盾重重。
历代及明初，六部均隶属于丞相，凡事必须秉承宰相的意志，自撤中书省、提高六部品秩后，六部变成直接对皇帝负责，职权完整，而且在阁之上。但随着内阁品位的提高，又有票拟权，内阁比六部更接近皇帝，部权便在不同时候、不同程度上为内阁所侵。但是，内阁毕竟不同于中书省。从制度上说，六部不必听命于内阁，而内阁则“凡百政事，非下部必不可行，不能行”。于是内阁借位尊势崇而力图控制六部，六部则钻内阁没有法定地位和权力的空子，力图摆脱控制。因而阁部经常争权，尤其是争夺人事权。
内阁与六部这种职权界限不清，工作上彼此失调，大大影响了明政府的行政效率。在客观上，则有利于司礼监的擅权乱政。
内阁中矛盾激烈。
尤其嘉靖以后，阁臣间的倾轧突出由于阁臣的任用、权力大小、去留，均没有明确规定，又由于首辅与次辅间权力悬殊，在天启以前一直无明确的职责分工。所以阁臣间争夺权势的斗争激烈，尤其是“嘉靖以来之首辅，莫不由倾轧排挤而得之”，如严嵩拉拢科道弹劾翟銮，使翟被“削籍为氓”。严嵩与夏言互相排挤，致夏言被弃市。
在阁内的纷争中，阁臣不但各自培植自己的势力，致使明中叶以后的政治日益腐败。
从明代内阁制度的种种特点，可见内阁制度在当时并未能成为与君主专制政体完全适应的辅政制度。内阁地位的特殊又使它成了矛盾辐辏之所，各种矛盾的发展，无一不是加剧了政治的腐败。
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明朝内阁制强化了君主专制制度。内阁制度随着皇权的高度强化而建立，权利的来源，由君主所授予，对君权的制约作用有限。事无大小，内阁都要秉承君主的旨意行事，遂成为君主加强专制的工具，因此明代的君主专制比前代尤甚，助长了君主专制。
形成了明代宦官的专权。明代内阁因缺乏法定的地位和权力，只是政务的辅助机构，通过票拟、修旨来辅政，但大学士的票拟最终要通过皇帝的朱批，而明代的司礼监秉笔太监掌章奏文书，宣宗时大臣章奏除皇帝亲批数本外，皆由司礼监秉笔太监参照内阁的票拟披红。宣宗以后，人主怠荒，深居内宫，不亲政事，不见大臣，又把太监当作心腹委以重任，朱批便由秉笔太监处理。司礼监便凌驾于内阁之上，内阁权力仅止于票拟。无论皇帝亲自掌权或者是假手于司礼监代批，大学士只能承旨办事，由是司礼监便趁机窃柄专权。明之阁臣即使有理想，有主张者，也必须先勾结宦官不可，否则一切政事都受到宦官阻梗，不能上达皇帝，如张居正为有明一代能臣，其任首辅时亦要密结司礼太监冯保，才能策动当时的政事。至于阁臣之不肖者，更争相谄媚逄迎宦官，助阉为虐，狼狈为奸，助长宦官的气焰。综观明代宦官为祸之烈，实与废相后，内阁无实权，加上君主过于宠信宦官，使宦官得以居中用事所使然。
演成朋党倾轧。明之内阁上受君主箝制，内受宦官操纵，阁臣之欲握权柄者，皆不免以不光明之手段得之:一方面要交结内监;另一方面则又须倾轧同列之大学士，遂演成朋党之祸。即在明代内阁权任处于最高峰时，阁臣间为争夺”辅“地位，往往互相倾轧，愈演愈烈，甚至不惜朋党台谏，依傍宦官，世宗时之严嵩任首辅，威权不可一世，但却为阁僚徐阶所倾到。张居正在万历元年出任首辅，也是因为内结司礼监冯保，逐高拱得来的。阁臣倾轧之剧烈皆因明代内阁没有正式的权力，没有合法的地位而引生的流弊。
导致政风因循。明代阁臣绝大多数是由进士而翰林，而拜命入阁，他们大都是十年窗下，久在翰林苑，舞文弄墨之士，并无实际的政治经验，一旦入阁，大都昏庸而无识见，阁臣为保官秩，大都庸庸碌碌，而很少勇于任事，敢作敢为。由于明代内阁受所处的地位和职权的限制，权力由皇帝授予，而宦官又居中窃柄，阁臣于是只能对皇帝唯唯诺诺，对宦官俯首听命而不敢有违，一辈阁臣都碌碌无能，遂使政风因循腐化。再至张居正之循名责实，积极有为，却不免被目为越权专政，非议四起，死后更落得削爵抄家的下场。继之为政者，惩张居正之败，多随俗浮沉以求免祸，唯取媚皇帝以巩固权力，于政事则无所主张，政治遂因循积弊，日甚一日。
总而言之，“有明之无善治，自高皇帝之罢相始也”。在某程度上是有其道理的。因为没有宰相，令皇权失却制衡;加上内阁无合法性;故无实权;事事听命于皇帝，造成君主独裁。如遇上昏庸之主，又会导致宦官为祸。而且内阁首辅为求争取权力，往往依附宦官，排挤异己，更助长了宦官的气焰。由此可见，明内阁的出现与其政局的发展有着密切的关系，而且影响深远 。
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在永乐朝以后，内阁权力加强。中晚明的历史可以看出，只要内阁中人才济济，皇帝不能再胡来。 明朝时，即使皇帝不上朝理政，国家机器也能依靠一班大臣和一整套政务流程维持正常运转。
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