毛囊炎主要是由细菌感染引起，少数是由真菌感染引起。它的发病原因和局部卫生不良、出油较多或者家族遗传有关。
所以治疗的第一个方面是要注意做好局部皮肤的消毒工作，要尽量清除油脂，减少毛囊炎的形成。
如果已经出现毛囊炎，对于少量、散发、比较浅在的皮疹，主要以外用药物为主，包括最常用的红霉素软膏、夫西地酸软膏、莫匹罗星软膏、复方多粘菌素B等，一般每天使用三次，一个星期即可逐渐吸收；如果毛囊皮疹比较多、分泌脓液比较多，则需要口服药物。因为毛囊炎是比较浅表的皮肤感染，所以一般的消炎药均有疗效，包括头孢霉素、阿奇霉素、氧氟沙星等，大概七天或者十天左右患者会有明显的改善。
有一种真菌感染引起的毛囊炎，这种毛囊炎口服抗细菌药无效，需要口服抗真菌药，如伊曲康唑或者是氟康唑。
第三个方面可以配合紫外线照射治疗，紫外线具有杀菌和穿透皮肤的作用。轻症患者可以通过外用药加紫外线照射，避免口服药物；如果经常、反复发作的患者，可以配合使用自家的菌苗或者多价葡萄糖、菌苗。
另外，糖尿病患者、生活起居不规律的患者容易复发，所以要控制好血糖，做好生活方面的调节工作，提高个体的免疫力。
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