有两种情况会导致未知病毒的感染，一种是新发现的病毒，或者是刚刚发现的没有正式命名的病毒，如艾滋病和埃博拉病毒，它们在被发现之前都是未知的。另外就是病毒感染，但是症状不明显，很难进行检测，暂时还不能确定是哪种病毒感染。
目前主要采用病毒核酸类型测定、物理化学形态测定、血清学鉴定、基因测序及生化比较等方法进行病毒类型检测。西方医学常用抗病毒药物，干扰素，蛋白酶抑制剂等。中医学用板蓝根、黄芪、大青叶等进行抗病毒治疗。
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