背后总后台是西斯头目达斯.西迪厄斯,他以共和国最高议长帕尔帕丁的伪装身份出现。造克隆人军队的最终目的是掌握武装力量从而夺取共和国的大权。听没听过一句话，枪杆子里边出政权？但是西迪厄斯狡猾至极，他没有亲自出面，而是利用绝地武士西法迪亚斯和杜库两人对共和国的腐败的不满，诱使和操纵他们俩实际完成这一备基任务。西法迪亚斯在西迪厄斯的引诱下，出面去向卡米诺人订购克隆人军队；其后不久，他就被杜库所杀。然后西迪厄斯利用杜库对共和国和绝地教团现行体制的不满，诱骗他脱离绝地做自己的徒弟，杜库是极端富有的人，他付了樱滚做建造克隆人军队的款项，又以泰拉诺斯的名字与赏金猎人詹果.费特联系，雇佣他去做克隆人的模板。这样，卡米诺人以为来订购军队的是“西法迪亚斯”，而詹果.费特知道的是“泰拉诺斯”雇佣了他，实际上他们都不知道幕后操纵的就是达斯.西迪厄斯。至于为什么克隆人军队要帮绝地武士？因为西迪厄斯老奸巨滑，如果一开始就指挥克隆人军队去跟绝地武士作对，那么克隆人军队就成了破坏和平和正义的邪恶力量，整个星系就会全与他们为敌，那么造上这支军队不是白费了吗？所以更有效的方法是，先指派克隆人军队去进行维护正义和和平的任务，让他们在星系中得到拥护，然后再找借口逼绝地武士“叛变”，再用这个借口突然命令军队倒转枪口，达到消灭绝地武士和夺权的最终目的。为了让克隆人军队能够树立正义的形象，西迪厄斯还暗中指派杜库利用少数对共和国不满的星系去组织分裂同盟，然后让分裂同盟对共和国开战，结果共和国参议院不得不同意将克隆人军队投入使用，而克隆人军队也形成了正义的面目。实际上克隆人军队和分裂同盟打的仗不过是阴谋家达斯.西迪厄斯左手和右手下的一盘棋脊衡，其中参与的所有的人，包括杜库伯爵、分裂同盟领导人、格菲将军、分裂同盟军队、绝地武士和克隆人军队，都只不过是他手里的棋子而已。
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