生物工程与生物医学工程完全可以被理解为两种不相关的专业，而且也不存在包含关系。生物医学工程，是用工程的手段解决和医学有关的问题，其重点在于工程二字，国内高校课程设置也主要偏重于电气电子，生物方面只了解一些，像我本科学习的主要课程是电分，数电，模电，高频，信号与系统，单片机，微机接口等这类电气电子知识，反观生物方面学了人体解剖生理学，生物化学，医用物理学几门算是概括类型的课程，并未深入学习。至于生物工程，其一定是以生物学作为研究重点的，和生物医学工程有着本质上的区别。
生物工程是下游生产为主，就业以实践为重。 生物医学工程学医疗仪器，很多学校把它归类到机电方面，当然根据学校情况教学重点不同。
生物工程，是20世纪70年代初开始兴起的一门新兴的综合性应用学科，90年代诞生了基于系统论的生物工程，即系统生物工程的概念所谓生物工程，一般认为是以生物学（特别是其中的微生物学、遗传学、生物化学和细胞学）的理论和技术为基础，结合化工、机械、电子计算机等现代工程技术，充分运用分子生物学的最新成就，自觉地操纵遗传物质，定向地改造生物或其功能，短期内创造出具有超 远缘性状的新物种，再通过合适的生物反应器对这类“工程菌”或“工程细胞株”进行大规模的培养，以生产大量有用代谢产物或发挥它们独特生理功能一门新兴技术生物工程的应用领域非常广泛，包括农业、工业、医学、药物学、能源、环保、冶金、化工原料、动植物、净化等。它必将对人类社会的政治、经济、军事和生活等方面产生巨大的影响，为世界面临的资源、环境和人类健康等问题的解决提供美好的前景。
生物医学工程（BiomedicalEngineering,简称BME）是一门由理、工、医相结合的边缘学科,是多种工程学科向 生物医学生物医学渗透的产物。它是运用现代自然科学和工程技术的原理和方法,从工程学的角度,在多层次上研究人体的结构、功能及其相互关系,揭示其生命现象,为防病、治病提供新的技术手段的一门综合性、高技术的学科。它有一个分支是生物信息、化学生物学等方面主要攻读生物、计算机信息技术和仪器分析化学等，微流控芯片技术的发展，为医疗诊断和药物筛选，以及个性化、转化医学提供了生物医学工程新的技术前景，化学生物学、计算生物学和微流控技术生物芯片是系统生物技术，从而与系统生物工程将走向统一的未来。
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