病毒突变的影响是比较大的，当病毒出现突变时，人们对它缺乏相应的免疫力，所以可以导致人群普遍易感。严重影响人民群众的生命安全，还容易引起恐慌。
对于突变的病毒，对它缺乏足够的认识，所以在治疗方面经验不足，不容易控制好病毒的传播。
由于病毒具有传染性，病毒突变后，可以引起大规模的传播蔓延，对国家的经济都产生了巨大的影响，也不利于社会和谐稳定发展。比较常见的容易突变的病毒是流感病毒。现在出现的新型冠状病毒，也被认为可能SARS冠状病毒的突变。
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