★第一话 钢铁のコクピット/钢铁的驾驶舱
日本东城学院，放学后主角与其恋人、甲儿走在一起，正在讨论考试等事情，此时突然传来警报声，阿修罗男爵带着机械兽来袭。甲儿匆忙去取自己的飞行机，主角和恋人正待躲避时，一架军用运输机被阿修罗男爵击落，正落在他们身边。在这场飞来横祸中，主角失去了恋人的身影，此时脑海中感应到坠落的运输机内有什么在呼唤着他，便上前查看。原来是一台蓝色的巨大机器人，于是主角便钻入驾驶舱内迎战敌人。（此时选择第二项，不要查看基本战斗方法，便可提升熟练度。另外，如果先前选择去找恋人的话，就不能在一开始出场了。） 作为第一关并不难（事实上本作的难度偏低），敌人的运动性很低，基本上无法命中主角的格伦加斯特贰式，再加上主角机拥有念动防护盾，运气好的话可以无伤过版。第三回合时，甲儿驾驶飞行机增援，阿修罗男爵会以他为攻击目标。此时主角应将几个喽罗收拾得差不多了，攒足了气力值便可用大技来收拾阿修罗男爵。
★第二话 マジンガ－Z绝体绝命/铁甲万能侠陷入危机
失去了恋人的下落，又带着格伦加斯特贰式，主角不知该如何是好，便与甲儿一同返回光子力研究所。此时，普洛肯男爵瞅准甲儿不在的机会攻打研究所，于是弓清华的爱美神及波士的大铁牛出击迎敌。当然无法指望这两人能击退敌人，只要让他们守住研究所即可。到了第三回，主角和甲儿登场负责对付敌主力。期间，甲儿是可以回研究所与铁甲万能侠合体的。不过，若以飞机状态过关是可以增加熟练度的。所以大家不妨先合体，等只剩下一个敌人时再分离。
★第三话 ゲッタ－チ－ム出击せよ/盖塔队出击
主角突然感应到远处有敌人存在，便与甲儿他们一同赶往早乙女研究所。战斗一开始，盖塔队三机以分离状态迎击敌人，正好每个人消灭一个方向的敌人。然后等敌人的三个援军出现后，再合体分别以不同形态击倒敌人就能提升熟练度：盖塔1号VS空中的敌人，盖塔2号VS地上的敌人，盖塔3号VS水中的敌人。将这些机械兽打倒后，再度出现敌机，此时主角们亦赶到，只要在不让敌人接近研究所的前提下逐步消灭即可。
★第四话 ジオン再临/基奥再现
众人来到联邦军的极东支部见过冈长官，从他口中得知主角的格伦拜斯特贰式乃ETO开发的新机体，但一直没有找到合适的驾驶员。如今基奥军再度抬头、地球圈形势恶化的情况下，冈长官便让主角成为格伦拜斯特的测试驾驶员，其关系属于光子力研究所。主角正在犹豫间，突然传来基奥军来袭的消息，于是众人出击迎战（如果先前选择了“もう少し考える”的话，主角不会马上出击）。此时如果熟练度为3以上的话，主角会遭到黑色三连星的挑战，在三回合内击倒任何一架黑色三连星，熟练度就会提升。接着出现一大堆机械兽，这种笨拙的敌人应该不是对手。
★第五话 シ－クレット·ナンバ－ズ/秘密号码
返回极东支部的途中，主角再度感应到敌人（比雷达还管用），于是赶过去一看，发现勇者雷丁的两名成员正遭到化石兽的围攻。这一关敌人挺多的，会不断地在北、东、东南出现增援。我方的增援会在第四回合于东北方的小岛出现，那就是隶属ETO“SRX计划”的R-1（伊达隆圣）、R-2（莱）、R-GUN（英格拉姆）。主角见到R-GUN，立刻产生一种奇怪的感觉，而英格拉姆似乎亦早就知晓主角的事情。（事先提醒一下，这位《SUPER HERO大作战》的主角是千万不能培养的！否则后果自负！）战斗结束后，还没怎么聊（虽然隆圣这个机器人迷看到铁甲万能侠与盖塔等非常激动，甚至还拿照相机要留影），英格拉姆就带着两个手下离开了。
★第六话 ア－ガマ击坠命令/击坠亚加玛的命令
回到极东支部，众人获悉基奥军大量降落地球，而且集中在南亚塔利亚岛，还接到泰坦斯的指令，说有一支敌军靠近这里，要主角他们去歼灭。此时应选“敌だと思う”，才能提升熟练度。于是，赶到现场的主角们与亚加玛打了起来，迪奥率先冲出来。此时应不要还击，两回合后，基奥的马修曼率军杀到，亚加玛成为味方一同抗敌。
战斗结束后大家相聚一起，察觉到泰坦斯有意让极东支部与艾干互相残杀。另一方面在机库里，甲儿看到死神高达居然说很象机械兽，迪奥听了立刻很生气，甲儿连忙道歉。这时，盖塔队三人走过来：“噢！看啊！那个很象机械兽的高达！”“真的呢！还拿着大镰刀！”迪奥差点气疯了。
★第七话 レッツ！コンバイン/合体！电磁侠
又是非常熟悉的一话，在南原研究所，豹马他们前来报到，接着开始训练并遭到敌人攻击。因为敌人相距甚远，最初根本无须动弹，等到了第五回合合体成电磁侠后再行动也不迟。此时，亚加玛前来增援，正好离大将军加鲁达不远，可以一鼓作气收拾他。
★第八话 出击！その名はジャオアント·ロボ/出击！它的名字叫大铁人
在战斗开始前，主角可选择与甲儿同行，这样能提升熟练度。初始与原作很相似，银铃他们带着安西博士逃脱BF团的追击，然后草间大作开着大铁人出现迎战维新龙·晓。这次大铁人被设定的很强，再加上武器不太耗费EN及弹药，虽然被围攻但也能取胜。在第二回合时，主角及甲儿登场援护，然后待亚加玛也赶到时，合力收拾伊汪的乌拉艾尼斯。
★第九话 岚を呼ぶ者/呼唤暴风的人
这一话其实超级系与真实系并无多大分别，只有敌人出现场所略有些不同而已。且说众人回到极东支部，主角获知SRX计划是为了对抗外星人而设立的，且该计划的负责人乃是白河愁！接着，一股奇怪的冲击波传来，众人赶过去一看，原来是安藤正树的CYBASTER。当然此时的亚加玛众人并不认识正树，虽然是至今为止从未见过的机体类型，但主角察觉到对方并非敌人，而且紧接着外星人监察者的无人机及机械兽亦陆续过来搜集资料，于是主角们就要一边保护CYBASTER，一边击退敌人了。途中，英格拉姆也会驾驶着R-GUN跑来凑热闹，他似乎早已从白河愁处知晓魔装机神的事情。
战斗结束后，正树向众人打听白河愁的事情，然后马上就离去。亚加玛则要选择是前往南亚塔利亚岛阻止基奥军（分支A1），还是去查布罗阻止泰坦斯夺取联邦总部（分支A2）。
★第十话 目觉めよ、勇者/觉醒吧！勇者
众人决定往南亚塔利亚岛去后，极东支部接到SOS。此时如选“こっそり出击する”便可提升熟练度。原来是夏京率兵攻打姆研究所，而勇者雷丁还在沉睡中。一开始，只能以丽与神宫寺两人迎击，所幸敌人并不很强，基本上一枪一个。到了第二回合，SRX小队前来增援，第四回合时雷丁就能觉醒，击退夏京便告结束。
★第十话 アムロ再び/阿姆罗再来
在前往查布罗的途中，柯瓦特洛、卡缪和主角前去一基地解救被软禁在那里的阿姆罗。如果熟练度至6，先前又选择了“ブリ－フィングルへ行く”，阿姆罗就会驾驶G3登场，否则他只能开略差的RX-78。将首批敌人消灭或踏入基地后，敌方便有增援出现，其中亦有强化人露莎美，不过此时并不能说得她，大可放心地将其击坠。
★第十一话 ガンダム强夺/高达强夺
这一话的初期基本上是高达0083的剧情再现，“所罗门的恶梦”贾图袭击联邦军在澳洲的基地，夺取了携带核弹的GP-02，考则驾驶着GP-01上前追赶，不同的是还有兽战机队的四人在场协助考。首要任务是不能让GP-02逃走（他会往左方逃），必须让兽战机队和GP-01将之团团围住，然后将其HP扣至一半以下时，贾图便与GP-02退却。接着在东北方出现敌增援，亚加玛亦随之赶到。消灭了敌军后，考和GP-01归于亚加玛旗下，首要任务就是夺回GP-02。兽战机队亦与之同行，那个讨厌的夏比罗亦不例外，他还对主角产生了兴趣，千方百计地想调查主角及其机体的资料。
★第十二话 野望の男（分支1A）
追击途中众人与茜玛遭遇，在第二回合时贾图出现并欲与茜玛汇合，此时击倒GP-02可提升熟练度（原本击倒茜玛亦可，但她一败退，敌人跟着全部撤去。）。然后外星人出现，夏比罗见状竟带着纱罗投靠外星人，所幸纱罗的机器出了故障留下来。
★第十三话 少女が见た流星/少女所见的流星
两分支的这一话在剧情上是一样的，也就是GUNDAM W的剧情。希罗驾驶着WING GUNDAM降落地球，正撞上OZ的塞克斯以及亚加玛，因为不能认同塞克斯，于是三方面的混战就此展开。
不同的是分支A1的情况下，敌军增援于第二回合由诺茵率领在左上方出现，分支A2则是当希罗被击坠后，增援变为外星人的帝国指挥官维蕾塔（如果击坠维蕾塔的话，可获提升熟练度）。本话中可以让迪奥去说得希罗，不过希罗是不会加入并继续攻击众人的（当然还是先说得再攻击他比较妥当）。
战斗结束后又见那老掉牙的剧情：莉莉娜在海边与希罗相遇，然后发出绝对是神经不正常的宣言。
★第十四话 父との约束/与父亲的约定
众人回到极东支部，却遇敌人袭击基地，原来是BF团“十杰集”之一阿尔贝特，只见他赤手空拳便将机器人击倒（可惜这次没有G GUNDAM出场，否则肯定会很热闹）。大作获知这一情况后，立刻驾驶着大铁人出击，银铃亦紧跟着以她专用的机器人援护。敌人并不是很强，只要注意不让他们接近基地即可。如果在5回合内将其全部击倒，便可提升熟练度。然后五飞与卡托鲁在地图上方登场，接着是亚加玛前来增援。 战斗结束后，因为泰坦斯已占领了查布罗、控制了联邦军，所以冈长官任命亚加玛成为第十三独立舰队隆德贝尔，避免遭受泰坦斯的讨伐。
★第十五话 使徒、袭来
极东支部收到有不明生物往新东京去的消息，隆德贝尔舰队便前去查看。一开始的大段情节基本上与新世纪EVA相同，美里前去接真嗣到Nerv，正遇第三使徒来袭，碇司令先让凌波出击，但是发生排斥反应。此时BF团的阿尔贝特突然出现，并向使徒发出挑战。律子见到居然有人能赤手空拳与使徒战斗，一时无法接受。接着是隆德贝尔舰队出场，如果先前选择“命令があり次第，出击する”的话，虽然会迟些出战，但能提升熟练度。使徒的A.T.FIELD防御限界是4000，所以不难对付，只要让两个超级系的机器人用热血+大技即可。
★第十六话 咆哮、EVA初号机
虽然击倒了使徒，但它又马上再生中，再加上碇司令那强硬态度，布拉度决定先行撤退，将此事交由Nerv负责。接着的战斗纯粹是走过场的剧情展示，真嗣被迫乘上EVA初号机与使徒战斗，结果被打至暴走，然后轻而易举地收拾了对方。
★第十七话 GR对GR2
泰坦斯的法克斯威胁冈长官，要他立刻解散隆德贝尔舰队，被冈长官顶了回去。此时，BF团又在东京湾附近捣乱，大作急忙与大铁人出击，结果撞上了他的父亲所做的GR的拷贝GR2。一开始是大作的孤军奋战，第三回合时又会有敌增援在左下方出现。如果要提升熟练度的话，就不要先击败GR2，而是先收拾增援的格冈。我方增援则在第四回合登场。
★第十八话 红い稻妻、空飞ぶマジンガ－/红色闪电，飞翔的铁甲万能侠（超级系）
随着接连的战斗，甲儿意识到不能飞翔的铁甲万能侠在战斗中太吃亏了，于是和主角暂时离开队伍返回光子力研究所。铁甲万能侠的飞行翼即将制造完成时，阿修罗男爵突袭研究所，于是甲儿出击迎战，主角则因机体调整未能马上出击（如果选择拒绝调整机体的话，能立刻出击，但无法提升熟练度）。结果甲儿被机械兽引离研究所，并遭到飞行怪兽的围攻，危急关头波士以自爆来解围。愤怒的甲儿装载上飞行翼，与主角、以及第5回合来增援的R1、R2一同击退了阿修罗男爵。
战斗结束后，当甲儿哀悼波士时，却发现他安然无恙地活着。主角找到隆圣，向他询问有关英格拉姆的事情（选“イングラムのことを闻く”），获悉对方乃是SRX的教官，以前亦是优秀的驾驶员。
★第十九话 激突！ゲッタ－ロボVSゲッタ－ロボG/激突！盖塔VS盖塔G（超级系）
镜头转移到早乙女研究所，普洛肯男爵偷了盖塔G与龙马他们交手，为了拯救大家，武藏独自一人开着旧盖塔与其同归于尽。牟庆便代替武藏驾驶盖塔G，第二回合时，主角他们就能来增援。但是，当敌人全倒后，普洛肯男爵把BF团从中国大陆蚩尤墓内偷的龙王机、虎王机派出来，主角从中感应到两机体的痛苦思念波，于是上前说得两机体离开。战斗结束后，众人发现武藏并没有死，只是受了重伤。
★第二十话 决战、第2新东京市（共通）
众人再度汇聚新东京市，并上街购物，还遇到了因受不了压力出走的真嗣。平静的时间没过多久，第5使徒来袭，并以远距离攻击打倒了EVA。美里想出了八之岛作战，英格拉姆帮助众人实行这一计划，不过先要在5回合内确保初号机的安全，但偏偏机械兽又在此时来袭。所以，隆德贝尔舰队要抢在5回合内将使徒以外的敌人消灭，方能提升熟练度。
战斗结束后，R-GUN正式加入（不要培养英格拉姆啊！），并出现第一次三分支，隆德贝尔舰队分为三小队，一队由SRX、阿姆罗等人组成去迎接EVA贰号机（“EVA贰号机输送舰队と合流する”分支2A）；一队由兽战机队、EVA为主力留在极东支部（“极东地区に残る”分支2B）；一队由高达为主力前往宇宙（“リガ·シリティア接触し、宇宙へ行く”分支2C）。
★第二十一话 圣战士たち/圣战士们
众人在前往汇合点的途中，突然传来一阵冲击波，接着就发现来到了一个陌生的地方，眼前还出现许多昆虫般的机器人，这便是海与地的狭缝、人类灵魂的归属地拜士渊洞了。最先出现在亚加玛面前的乃是多雷克的母舰威尔维布斯，更令人惊讶的是多雷克的参谋、将机器人提升性能并量产化的薛特，以前乃是英格拉姆的部下！多雷克想说得众人帮助他称霸整个拜士渊洞，结果自然是遭到拒绝啦！接着尼和翔攻击威尔维布斯，并逃向亚加玛，于是一场战斗就此展开。敌人中的托多按惯例是可以说得的，必须让翔先和他打一回合，这样不仅可提升熟练度，也会出现说得选项，当然现在他是无法立即仲间的。
★第二十二话 エレの灵力/艾蕾的灵力
暂时击退多雷克后，尼将此地的情况向众人做了说明，大家便跟他一同去找寻回到原来世界的方法。没走多久就遇到多雷克派来的追兵，这一版的过关条件是只要全员跑到地图的右下方即可，不过我想大家都是执着于全灭的吧！当然若玩者在4、5回合内走完这版的话，熟练度是会增加的。在这关中最需注意的是不能攻击托多（也不能还手），否则日后就无法说得他。
逃脱敌人追击后，众人在湖畔休息并遇到了艾蕾，她感应到英格拉姆心中十分迷茫。
★第二十三话 ナの国の女王/纳国的女王
与艾蕾告别后，众人正撞见纳国的女王茜拉在与薛特对抗，于是上前援助。在此选择让古兰加兰防御的话，便可提升熟练度，且过了两个回合后茜拉会让翔换乘翼霸。而在本关出现的托多，即便将其击倒也没关系。
★第二十四话 オ－ラロ－ド/奥拉之路
本话中提升熟练度的条件是在2回合内击倒邦，当首批敌人全灭后，增援便会登场，接着卡拉丽娅怀着对翔的怨恨，其奥拉之力异常高涨，从而引起冲击波，将众人带至地面上。
★第二十五话 东京上空
翔发现已回到地面上，同时附近只有卡拉丽娅，便说服她放弃战斗（不能攻击对方）。之后阿修罗男爵带着大量的机械兽出现，玛贝尔他们和布拉度分别在两个回合内出现。当敌人少于5部机体时，便会在下方出现几头颇强的机械兽，沙漠高达与重装高达亦来凑热闹。
★第二十六话 红いエヴァングリオン/红色的EVA
两分支内这一关是无很大区别的，主要是接收明日香与EVA贰号机。提升熟练度的机会便是让明日香在3回合内击倒使徒。之后敌人的援军中有巴尼存在，所以要让克莉斯上前与他交手，然后说得。
战斗结束后，EVA正式加入队伍。布拉度他们见到真嗣三人后，其平静的态度让美里吃惊，她原以为大家应该对两位驾驶员的年龄感到惊讶的，谁料布拉度却告诉她们在隆德贝尔舰队里还有比真嗣他们更小的成员呢！电磁侠里的日吉等人还是小学生哩！而且连妖精也有！这更让美里惊讶不已。
★第二十七话 マジン展开/MAZIN展开
战前的选择中，如果选往“南アタリア岛”的话，可提升熟练度，反之会下降2点的！
众人在前往南亚塔利亚岛的途中，正撞见安藤正树与拜士渊洞的比肖特交战。大家都在奇怪，为何隔了这么久，正树还没到日本找白河愁，结果发现原来他是个超级路痴！然后龙马他们告诉正树，白河愁现在在南亚塔利亚岛。这令正树将隆德贝尔舰队亦视为敌人，幸好隆圣那个白痴机器人狂一见到CYBASTER，就嚷着“好帅！”“我一定会拼死保护CYBASTER的！”这让正树终于解除了戒心，同意暂时加入隆德贝尔舰队。战斗中让尼攻击母舰盖亚格林克的话，是会发生对话剧情的。另外，击倒盖亚格林克能够提升熟练度，但需注意当它的HP低于50%是会撤退的。
★第二十八话 EOTの岛（共通） 几经辛苦后，隆德贝尔舰队终于抵达了南亚塔利亚岛，正赶上一年战争时落下地球的神秘宇宙飞船“MACROSS”的升空仪式。当布拉度正与MACROSS的舰长古洛巴尔在谈话时，第7使徒来袭。
此战最初只能派3台EVA上场，因为气力值充足，所以很容易便击倒使徒。但是使徒立刻一分为二并击倒了初号机与贰号机，这就需要派遣诸多超级系的机器人上场对付两个使徒了。提升熟练度有两种：一是让凌波来打倒第7使徒，可加1点；一是让布拉度打倒第7使徒，可加2点。当然后者难度较高，需要动用大量的精神指令来提升布拉度的气力值、降低使徒的气力值，特别是使徒的气力值处于100以下时是无法使用A.T.FIELD的。
虽然击倒了使徒，但它们又开始再生，所以众人开始寻找其它有效的方法来彻底消灭这对孪生使徒。
★第二十九话 心に念じる见えない刃/心中默念看不见的刀刃
因为R-1、R-2以及格伦拜斯特贰式增添了新装备和武器“计都瞬狱杀”，所以3人到附近的小岛进行训练。但是却在那里遇到了前ETO驾驶员伊路姆（第四次等前作的8位主角之一）以及主角的恋人！伊路姆和主角恋人夺取了柯修拜斯特EX及柯修拜斯特MK2，背叛了ETO并意图摧毁SRX计划。奇怪的是主角的恋人似乎已不认识主角了，无论主角怎么劝说都没有用。本话中的关键就在于主角是否能说得其恋人，方法是连续向对方攻击两次，然后选择说得，如此恋人便会因头痛而离去。另外，如果为了提高熟练度的话，本话中其实没有什么经验值可拿，因为无论杀死伊路姆抑或恋人，都会被倒扣熟练度！
★第三十话 瞬间、心がさねて/瞬间，心的重生
进入本话的条件是在先前的选择中选“EVA2体による作战を选ぶ”，这样便由真嗣和明日香两人合力在同一回合内击倒两个使徒。所以要改造一下两台EVA的武器，然后与使徒干耗直至气力值上升后，再配合精神指令将其击倒。 一波未平一波又起，消灭了使徒后，新基奥军的统帅基雷打算用卫星炮攻击南亚塔利亚岛，借此威胁DC投降。此时有两种作战方法可选择：一是“弹丸を击ち落とす”，进入“ブ－ビ－·トラッブ”；一是“弹丸をEVAで受け止める”，进入“奇迹の价值は”。
★第三十一话 ブ－ビ－·トラッブ/傻瓜圈套
基本上两分支在剧情上是相同的，只是战斗时敌我双方机体配置有所不同。这一关的目的是保护MACROSS不让敌人接近并将敌人全灭，虽然因为敌人众多而有些紧张，不过首次登场的MACROSS那些战斗机“女武神”是非常厉害的。除了装甲低的缺点以外，其移动力、运动性很高，而且各个都有地图炮。另外需注意的是，这一关以及下一关都不能让所有机体一拥而上，因为敌人会出现增援，需要留一些人守侯在基地附近。待敌人全灭后，基雷亦向南亚塔利亚岛发动攻击，原先准备好的令R-GUN回击或让EVA张开绝对领域防御都没能派上用场，MACROSS居然自己变形并用主炮反击。古洛巴尔方醒悟此乃过去异星人在MACROSS上设置的开关。
★第三十二话 カウント·ダウン/倒数
因为敌人的目标是MACROSS，所以古洛巴尔决定利用太空折叠，让MACROSS升上太空。所以本话的主要目的就是保护MACROSS，支撑到它升空为止。这一关的敌人非常多，几乎打到手酸。而且敌人主要从左、右、下三个方向过来，只要消灭一个队伍就会有另一队伍登场，所以必须在MACROSS的三个方位都配置机体，并且每个方向都不能把机体全部放出去迎击敌人，而是应该留两台以防不测，否则只要敌人走进基地就算输了。
★第三十三话 トランス·フォ－メ－ション/变形
MACROSS使用了太空折叠后，虽然成功地来到了太空，但却是在太阳系最远的星球冥王星附近，而且还连周围的东西也全部带过去了。刚刚收容完毕后，天顶星人又追过来了。因为这些敌人的船舰有着极高的HP，且增援不断。乍看似乎有难度，其实这只是个走过场的剧情。首先敌人在右下方那一大堆皮糙肉厚的战舰是不会动的，没有必要去理睬他们，而且只要坚持到5回合后MACROSS就会变形过版。大家只要抓紧时间多多杀敌抢经验值即可，但要注意的是到了第5回合，我方机体必须全部移动至MACROSS的后面或与它并列，否则是会一炮打进的。
★第三十四话 隐された杀意/隐藏的杀意
英格拉姆提出要SRX小队的3人进行合体训练，隆圣听了非常高兴，他一直盼望着能驾驶超级机器人。彩却对此没有信心，不过受到她一直暗恋的英格拉姆的鼓励后，终于还是下定了决心。主角跟着SRX小队一同前去训练，可惜最后合体还是失败了，彩还因为受到精神感应的强烈冲击昏厥过去。就在这时，帝国指挥官蕾比·托拉与夏比洛来袭。眼见隆圣他们没有想预料中那样觉醒超能力的力量，英格拉姆终于露出他的真面目，原来他竟是异星人派来当卧底的！紧接着，英格拉姆更将彩的R-3给击坠了！众人大怒，遂开始反击。要打倒英格拉姆和夏比洛并非难事，只要动用大量的精神力来辅助即可。蕾比的玖狄卡就非常困难，最佳方法是让隆圣去攻击她，这样蕾比会因隆圣的精神感应而头痛不已，最后更会离开战场。接着加戈尔出现并放出新的合金兽，还扬言已破解了V型电磁侠的招式。不过在蕾比的命令下，还没等他发挥能力就强制撤退了。
待敌人离去后，众人找到了R-3的残骸，彩虽侥幸拣回条命但却负了重伤。隆圣亦受到很大的打击，他万万没有想到自己所信赖的教官会背叛他们（此时选第二项能提高熟练度）。
★第三十五话 サタン·ファイト/土星之战
MACROSS来到土星附近，天顶星人又追了上来，不过这次的敌人大多是些小兵，不足为惧。当首批敌人全灭后，又有敌增援在右下方出现，更有敌人入侵至MACROSS内，此时要一条辉选择是去追击抑或等待增援。选前者（第一项）的话是可以提升熟练度的，但就会马上结束这一版面，或者的话虽没有熟练度却能将所有敌人消灭的机会，要熟练度还是要经验值，全在大家自己。
★第三十六话 リン·ミンメイ/林明美
一条辉追着敌人进入MACROSS内，然后获得卡多鲁的帮助。辉的主要目的就是在3回合内赶到林明美所处之地，然后因为MACROSS的变形一同被卷入地下。接着是味方大量机体登场与敌增援部队周旋。
★第三十七话 ジュピトリァン/朱比利特
这次的敌人乃是以V GUNDAM为主，其中卡狄吉娜是会冲向胡素并发动攻击的，此时如果选择“カテジナを击たない”可加一点熟练度。另外，让正树前去说得琉妮亦能提升熟练度。真实系的情况下，若将敌军的初期配置消灭后，帝国军的蕾比便会出场，最好在她气力值可达使用“最终地狱”之前收拾她。
★第三十八话 帝国の女王
MACROSS到达木星圈后，古洛巴尔前去参见？？？帝国的女王，结果反被关押起来。布拉度就组织了一个营救小队，要在15回合内找到古洛巴尔被关押的地方。如果上一话有说得琉妮的话，她就会告之正确位置（地图最右方），并在正树的劝说下，琉妮加入队伍。能够成为伙伴的还有两人，那就是在第四回合内以NPC登场的希罗和特洛瓦，只要让卡多鲁与迪奥去说得即可。因为时间紧迫，所以大家要善用地图炮来节约时间。当行至右方时，蕾比就会出现，让隆圣去挡她两次攻击后，她就会再度头痛并要众人救她，但紧接着她又恢复“正常”，迅速离去。
★第三十九话 终末への前奏曲/往终末的前奏曲
好不容易脱离木星，一条辉接到林明美的联系，与她一同驾驶着练习机外出游玩，结果撞见了宇宙怪兽（真实系的话变为天顶星人）。当然凭一条辉那架练习机是毫无作为的，所幸EXCELION出现在此宙域（真实系的话，辉会被四架敌机包围，但因为敌人并不会做出主动攻击，所以还是不要无谓地挣扎），且第三回合时主角和骷髅中队赶过来，缓解了危机。超级系的话，味方在第七回合时还会有增援。此时，天顶星人突然将辉抓了去，于是主角、骷髅中队以及末沙他们也急忙追了过去。
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