冷战时期美国CIA特工，隶属于特种部队FOX部队的JACK，代号裸蛇（naked snake）被派往苏联境内救一名叫做索科洛夫的科学家，却发现自己的恩师，美国特种作战之母THE BOSS竟带着两枚核弹头叛国投敌，JACK在极度惊讶的情况下来不及反映被THE BOSS用CQC（近身格斗术）打败。一段时间后，五角大楼再次下令，救回索科洛夫，抹杀THE BOSS，行动代号食蛇者（snake eater）。任务再次由naked snake完成。随着任务的深入，裸蛇发现了一系列秘密——由索科洛夫开发的双足核搭载作战兵器峡谷虎可能将世界卷入核战争的劫难、THE BOSS的背叛其实是美国方面的一手策划，为了得到由三个超级大国汇集的一笔巨大财产，哲学家的遗产的骗局等等。同时裸蛇还邂逅了美女双面间谍EVA，两个人配合干掉了苏联上尉沃尔金，摧毁峡谷虎，将世界从核战争的阴影中解救出来。任务中裸蛇失去右眼。然后，裸蛇独自面对自己的恩师THE BOSS，THE BOSS已经是个罪人，没有哪个国家愿意行饥收容她，只能选择死在自己的徒弟手中。在那一片纯白的花海中，师徒二人的生死之战，裸蛇最终含泪扣动扳机，亲手杀死了自己的恩师。事后EVA失踪，三面间谍左轮山猫获得全部哲学家的遗产。裸蛇回国后被美国政府授予BIG BOSS的称号。但是，只有他自己知道，THE BOSS才是真正的爱国者，为了国家利益不惜牺牲自己的清白、名誉和生命。BIG BOSS最后在THE BOSS墓前含泪的敬礼将气氛推向最高潮。最后BIG BOSS放弃自己的所有福利与军衔，选择隐居。（MGS3剧情，整个系列的起源）食蛇者行动后六年，隐居的BIG BOSS被突然袭击的原FOX部队成员打晕并囚禁，在狱中BIG BOSS结识了罗伊坎贝尔上校（Roy Cambell），二人越狱，发现FOX的首领基恩（Gene）正在策划研究一种杀伤力巨大的武器，并要组建一个只有士兵的国家。BIG BOSS利用队内人心不稳的弊端，说服许多士兵假如自己的军队，最后一起破坏了核武器和那刚刚完成的双足作战兵器——Metal Gear!事后，BIG BOSS组建了自己的特种部队，并收服了基恩的最强战士努尔（Null）。经过BIG BOSS调教后改名灰狐（Gray Fox）。（PSP掌上行动剧情）食蛇者行动十年后，BIG BOSS的部队已日渐成熟，名为MSF（无界之师）。这时来自哥斯达黎加的教授加尔维兹和他的学生帕兹到访，请求BIG BOSS出兵帮助自己正处在水深火热中的祖国。BIG BOSS很快识破了加尔维兹是苏联KGB间谍的事实。但加尔维兹承诺为MSF提供一个海上基地了条件颇为诱人。同时，还有一样让BIG BOSS无法拒绝的枝塌东西——一盘录有THE BOSS声音的磁带！BIG BOSS为了查清事实真相毅然出动。而真相是——有天才女博士开发的AI已THE BOSS为基础，才有了那段声音。猛带圆那段声音只是AI的声音而已。BIG BOSS率领自己的无界之师打败了企图发射核弹的四足核搭载AI兵器——peace walker(和平行者)。最后，BIG BOSS毅然决定持续THE BOSS的意志，与时代为敌。并将MSF改名为OUTER HEAVEN（室外天堂）。（PSP和平行者剧情）由BIG BOSS的基因为基础开展的“魔童计划”克隆出了solid snake,liquid snake,solidus snake三位超级战士。同时，BIG BOSS组建猎狐犬部队掩盖室外天堂的运行，solid snake被作为新兵招入猎狐犬部队。BIG BOSS为了除掉这位能力最强的自己的“儿子”，策划了室外天堂和桑给巴尔岛暴乱，均派solid前往解决。神奇的是solid如有神助，一路过关斩将，终于发现了BIG BOSS才是幕后黑手的事实，并将其用简易喷火器烧死。进入假死状态的BIG BOSS的“遗体”被美国政府回收，solidus就任美国总统。（MG1、2剧情）若干年后，liquid在影子摩西岛（the shadow moses）率领猎狐犬部队叛变，以核武器为要挟威胁美国交出BIG BOSS的遗体。solid受命前往处理。出发前他被女博士内奥米（naomi）在体内注入死狐病毒（FoxDie）,这种病毒能杀死具有特定基因的人。任务中solid遇到了数十年前的苏联间谍左轮山猫，他被灰狐砍断左臂。仓皇逃走；还认识了年轻的科学家奥塔肯（otacan）,他参加了新一代metal gear的开发。最后，solid在影子摩西岛地下发现了最新型metal gear——metal gear Rex(霸王)！liquid驾驶这霸王试图杀死solid，在灰狐的帮助下solid摧毁了霸王，灰狐牺牲。在solid与liquid的生死之战中，千钧一发之际solid体内的死狐病毒发挥作用，liquid死亡。左轮山猫移植了liquid的左臂，却意想不到地被liquid的意志侵袭，丧失本身的意识，而后下落不明。（MGS1剧情）MGS2的主角叫雷电（raiden），这一段剧情我自己也搞的不是很清楚，不好意思。影子摩西岛事件九年后，liquid山猫在中东出现，因为体内基因和死狐病毒而加速老化的solid只能再度出战，这也是他的名称“old snake”的由来。于是众人辗转世界各地追寻liquid山猫的踪迹，途中还找到了BIG MAMA——也就是当年的EVA！原来EVA当年的确爱上了BIG BOSS，在魔童计划中，她就是solid的母体。同时，BIG BOSS的遗体也在EVA手中。闻讯的liquid山猫出兵抢夺遗体，EVA用当年和BIG BOSS并肩作战时骑的摩托，载着solid一路杀出重围，却在最后被追上，遗体被烧毁，自己也死在了solid体内的死狐病毒之下。而后，众人又追到了九年前的影子摩西岛。solid重返故地，（当熟悉的the best is yet to come的歌声响起，无数老玩家热泪盈眶），并找到了当年那台霸王！经过奥塔肯简单的维修，霸王重新启动！solid驾驶着它冲出影子摩西岛上当年的猎狐犬基地，与驾驶着metal gear ray(海魔鬼)的liquid山猫战斗，最后成功逼退了他，于是众人向最后的目标——liquid的潜艇OUTER HAVEN（没打错，就是这个名字，比室外天堂少个E）进发。终于，solid经过一段常常的充满微波的走廊，破坏了终极AI，最后在巨大潜艇的顶部与liquid山猫展开了决战。这次，liquid彻底死了，世界的危机解除了。最后一幕，BIG BOSS出现，讲述了他所有的故事，最后也死在了自己的“儿子”怀中。一切尘埃落定，solid决定独自流浪，当然，还有永远的朋友奥塔肯相伴……
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