一天晚上 ,基德在偷一颗极其珍贵的宝石「阿缇密斯的眼泪」,恰巧被来度假的柯南发现,在柯南即将用足球射向基德时候,基德转移柯南的注意力趁机逃脱。在逃离过程中,被在郊外等待追踪他的少年侦探团(行姿这里指步美、元太、光彦)用钓鱼线缠住并掉入即将改造成野生动物园的一座孤岛,就在基德逃脱的时候,柯南也发现了宝石的保管人根津社长及其秘书有蹊跷,于是也追踪过去。
基德因为滑翔翼破损只好暂时停留在森林里,这时突然从树上掉下无数条虫子,基德在慌乱之中把斗篷、外套、都脱了(包括帽子和单片眼镜也被取下来了) 。赶来的少年侦探团发现了基德遗落的衣物,正巧基德在躲避少年侦探团的携慎树丛里偶遇一条蛇跳出灌木丛(单眼镜片就是这样被吓掉的),因为长相和新一相似,基德被少年侦探团误认为是新档隐绝一 。
被当成新一的基德和少年侦探团一起去”追赶基德“ ,而在途中, 经少年侦探团提示,意外发现偷来的宝石是居然是赝品,而且还有人放出鳄鱼和野猪想要除掉这一行人。为了躲避野猪,基德和少年侦探团又再次发现了根津社长私造枪支和伪造宝石的秘密之处,差点被赶来杀人灭口的根津社长杀害,千钧一发之际,柯南出现并帮忙一起摆平了根津社长。
最后,在海边的岩石上 戴着单眼镜片的基德在月光下检查钻石,发现这是赝品。而柯南为了报答基德救了少年侦探团,提出如果把钻石交还就饶他一次,基德把宝石扔给柯南后就消失在了茫茫夜色之中。
(片尾时,还有一段小插曲:小兰听说新一也在岛上,号召大家一起去找新一,而基德因滑翔翼破损,划船回家。不幸的是,他划船时,船桨把基德最害怕的东西——鱼给打上来了,本故事以基德的尖叫结束了......)
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