对人有致病性的衣原体主要有肺炎衣原体和沙眼衣原体。其中肺炎衣原体主要引起非典型肺炎及上呼吸道症状，采用阿奇霉素一般治疗3~4天，红霉素和四环素通常要治疗1周，多西环素治疗一般要治疗3周。
沙眼衣原体除了引起沙眼及结膜炎症状外，还可导致泌尿生殖系统感染。
沙眼应连续用药1~3个月，结膜炎一般需要治疗3周。
泌尿生殖系统感染采用阿奇霉素或多西霉素需要治疗1周，采用罗红霉素、克拉霉素等需要治疗10天。而对于性病淋巴肉芽肿，一般疗程为3周，并根据病情适当延长，必要时手术治疗。
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