卡介苗注射的主要方法包括：皮内注射。用一次性注射器吸取卡介苗，并用酒精消毒接种对象的接种部位皮肤，左手固定接种部位皮肤，右手拇指固定针头刺入皮内，确定针头在皮内后缓慢推入卡介苗，然后打一圆形的皮丘。
而皮下划痕法是在左上臂三角肌下端外缘，用酒精消毒皮肤，待干后，滴2-3滴摇匀的菌苗液，用消毒的针划一井字，各长1～1.5厘米，间隙0.5厘米，以出现红痕为宜，涂匀菌苗，使其渗入皮内，菌苗干后才可穿衣服。
另外还有口服用药，但此方法只限于出生后2个月以内的婴儿。
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