呼吸系统疾病最常见的病因有很多，比如可见于感染因素，因为免疫力下降受到病毒、细菌、支原体、衣原体、立克次体以及真菌、原虫、钩端螺旋体、结核分枝杆菌等感染，可分别引起急性上呼吸道感染、支气管炎、肺炎等。
另外还有受到过敏原的刺激，包括冷空气、花粉、虫螨以及高蛋白的饮食，比如牛奶、豆浆、鸡蛋，以及其它坚果、水果如芒果等，都可能会引起气道出现高反应状态，而导致出现喘息、气促的症状，主要见于支气管哮喘。还见于各种原因导致生活习惯不良，比如吸烟、长期熬夜、疲劳而出现支气管肺癌、肺泡细胞癌等，这些都是呼吸系统疾病最常见的病因。
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