衣原体感染不同的部位引发不同的疾病，如衣原体肺炎、沙眼、包涵体结膜炎、鹦鹉热等，进而表现为不同症状。
1、肺炎衣原体感染：本病的潜伏期为10~65天，缺乏特异临床表现。隐性感染及轻症患者常见，仅10％有临床表现。
（1）急性呼吸道感染：急性呼吸道感染最为常见，临床主要表现为肺炎、支气管炎、咽炎、喉炎、鼻窦炎及中耳炎等。其中以肺炎最常见，占50％以上。
支气管炎次之。老年人以肺炎多见，20岁以下的青少年则多表现为支气管炎及上呼吸道感染。起病时有发热，体温37.5~39.1℃，持续1~7日。常伴全身不适、咽痛及声音嘶哑等。数日后出现咳嗽，此时体温多已正常。亦可引起支气管炎、支气管哮喘，还可引起咽炎、鼻窦炎及中耳炎，多与肺炎及支气管炎同时存在。
病变一般均较轻，但即使使用抗生素治疗，病情恢复仍较慢，咳嗽及全身不适等症状可持续数周至数月。病情严重者可因基础疾病加重或因发生并发症如细菌感染而死亡。
（2）伤塞型：少数患者表现为高热、头痛、相对缓脉及肝脾肿大，易并发心肌炎、心内膜炎和脑膜炎，重症患者出现昏迷及急性肾衰竭，表现类似重症伤寒。
2、沙眼衣原体感染：
（1）沙眼：一般起病缓慢，潜伏期5～14天，多为双眼发病。幼儿患病后表现为急性沙眼感染，可自行缓解，不遗留后遗症。成人患病表现为急性或亚急性过程，早期即出现并发症。
沙眼初期表现为滤泡性慢性结膜炎以后逐渐进展到结膜瘢痕形成，早期表现为流泪、有黏性或脓性分泌物、结膜充血及滤泡增生。晚期出现结膜瘢痕、眼险内翻、倒睫等；这是沙眼的典型病变特点。也可引起角膜血管翳，导致角膜损害，是沙眼具有诊断价值的特有体征之一，影响视力甚至致盲。
（2）包涵体结膜炎：
（1）成人包涵体结膜炎：好发于性生活频繁的年轻人，接触病原体后1-2周发病，单侧或双侧发病。
病变早期表现为急性滤泡性结膜炎，眼睑肿胀、结膜充血和黏脓性分泌物，睑结膜和穹窿部结膜滤泡形成，多位于下方，并伴有耳前淋巴结肿大。
3~4个月后炎症逐渐减轻消退，但结膜肥厚和滤泡持续3-6个月方可恢复正常。
（2）新生儿包涵体结膜炎：婴儿通过产道时感染，潜伏期为出生后5～14天，有胎膜早破时可在出生后第1天即出现体征。
双眼急性或亚急性发病，起初表现为少许黏液样分泌物，随之出现较多黏脓性分泌物，故又称为包涵体性脓漏眼。结膜炎持续2～3个月后出现乳白色光泽滤泡，严重病例可有假膜形成和结膜瘢痕化。
大多数新生儿包涵体结膜炎是轻微自限的，但应注意的是衣原体还可引起新生儿其他部位的感染威胁其生命，如呼吸道感染、肺炎等。
（3）泌尿生殖道感染：男性患者
尿道炎：约50％-60％的非淋菌性尿道炎是由沙眼衣原体感染引起，临床表现与淋病类似但程度较轻。
常见症状为尿道刺痒、刺痛或烧灼感，少数有尿频、尿痛，体检可见尿道口轻度红肿，分泌物呈稀薄浆液性，量少，有时可呈脓性，通常在晨起时发现尿道口有少量分泌物结封住了尿道口(糊口现象)或内裤被污染。
附睾炎和前列腺炎：附睾炎是男性尿道炎最主要的并发症，多为急性，表现为一侧或双侧附睾疼痛及触痛。
前列腺炎多见亚急性发病，表现为后尿道、会阴部、肛门部等区域钝痛或坠胀，慢性前列腺炎可表现为无症状或会阴钝痛、阴茎痛。
结直肠炎：多发生在同性性行为者，轻者无症状，重者可有腹痛、腹泻和便血。
Reiter综合征：表现为尿道炎、结膜炎和关节炎三联症。
女性患者
宫颈炎和尿道炎：最常见的是宫颈炎，半数以上患者无明显症状，也可表现为阴道分泌物增多，体检时可见宫颈水肿、糜烂等，如不及时治疗，易发展为持续感染或无症状携带者，感染也可上行发展为子宫内膜炎和输卵管炎。
仅25％女性患者出现尿道炎，表现为尿道口充血、尿频、排尿困难等泌尿系统症状。
子宫内膜炎和输卵管炎：输卵管炎主要为急性输卵管炎，起病时下腹部疼痛、压痛、反跳痛，常伴发热。
部分患者可扪及增粗的输卵管或炎性肿块。
慢性输卵管炎表现为下腹疼痛，若输卵管炎反复发作，可导致不孕或异位妊娠等严重并发症。
不孕和异位妊娠：输卵管炎反复发作可使管腔黏膜变窄，最终导致不孕。即使受孕，受精卵往往难以通过因炎症粘连增厚的输卵管进入宫腔着床，常发生异位妊娠。
妊娠期感染可损伤胚胎导致流产、早产、死胎、胎膜早破及产后盆腔炎，并能经产道传给新生儿引起新生儿结膜炎或肺炎。
（4）性病淋巴肉芽肿：性病淋巴肉芽肿是沙眼衣原体感染引起的急性或慢性性传播疾病，又称第四性病，主要病变累及外生殖器、腹股沟、直肠和肛门引流部位淋巴系统，引起局部溃疡和坏死，晚期可有象皮肿或直肠狭窄。
本病潜伏期1~6周，一般3周左右，根据临床发展过程的不同特点可分为三期：
早期(外生殖器初疮期)
男性好发于龟头、包皮内侧及冠状沟，女性好发于大小阴唇、阴道或宫颈，有时也可发生于生殖器以外的部位(手指、肛门、口唇等)，潜伏期后可出现针头大小的丘疹或脓疱(初疮)，很快破溃形成糜烂或溃疡，直径2~3mm，周围有红晕，单个或多个，因症状体征不明显而常被患者忽视，一般10天左右自愈，愈后不留瘢痕。
中期(腹股沟横痃期)
起病1～4周后男性患者可发生腹股沟淋巴结肿大，称为第四性病横痃，病变多为单侧，约1/3为双侧。起初肿大的淋巴结散在、孤立、质硬，可有疼痛及触痛，后逐渐融合形成与周围组织粘连、沿腹股沟分布的肿块，鸡蛋大小或更大，与周围组织粘连，表面皮肤青紫色或紫红色。
由于腹股沟韧带将肿大的淋巴结肿块分为上下两部分，形成上下隆起、中间凹陷呈沟状的特征，称为“沟槽征”，为本病的特征性表现，其表面皮肤发红并有压痛。1~2周后肿大的淋巴结肿块软化波动，可破溃流脓，皮肤表面形成多个瘘管，经数周至数月愈合留下凹陷性瘢痕。
晚期(外生殖器象皮肿和直肠狭窄期)
出现在起病数年后，由于外生殖器周围淋巴结炎症及淋巴管阻塞，而出现外生殖器象皮肿，男性主要累及阴茎和阴囊，女性常累及大小阴唇和阴蒂，表现为坚实肥厚性肿块。
此外，直肠及其周围炎症、溃疡及瘘管愈合后留下的瘢痕收缩，可引起直肠狭窄，导致排便困难、腹部绞痛等，肛门指诊可发现肠壁增厚及肠腔狭窄，此更多见于男性同性恋者。女性患者由于组织破坏可形成直肠阴道瘘、阴道尿道瘘及肛门周围痿等。
3、鹦鹉热：临床表现多为非典型性肺炎。
潜伏期1~2周，长者可至45天。多表现为急性起病、高热、寒战，伴相对缓脉。有全身不适、疲惫无力、食欲不振、剧烈头痛、身肌肉疼痛等。约1周出现咳嗽，咳黏液或血性痰。病情严重者可出现呼吸困难、发绀、烦躁、谵妄、木僵、昏迷等。
恢复期可发生血栓性静脉炎，有时发生晚期并发症肺梗死，可造成患者死亡。偶尔可发生系统性并发症，如心肌炎、脑炎、心内膜炎与肝炎肝脾肿大等。
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