小阴茎的病因一般有：
第一，促性腺激素分泌不足性腺功能减退。
第二，表现出促性腺激素分泌过多，性腺功能减退。
第三，原发性的小阴茎，对于促性腺激素分泌不足的性腺功能减退，一般有异位性脑组织结构的异常，无脑畸形患儿，无下丘脑分泌功能，就算脑垂体发育正常。由于没有促性腺激素释放激素会使睾酮分泌减少，造成小阴茎。此外先天性的脑垂体不发育也可以造成性激素缺乏而造成小阴茎，促性腺激素分泌过多造成性腺功能减退，这类患者下丘脑和垂体分泌功能正常。只是在妊娠后期睾丸表现出退行性性变致睾酮分泌减少，经过反馈途径而造成表现出激素分泌过多。造成小阴茎的原因主要是在睾丸本身，比如先天性睾丸缺如，睾丸下降不全等。此外原发性的小阴茎是指除了上述原因外，有一小部分的患者下丘脑垂体和睾丸的激素分泌正常伴随小阴茎的畸形，推测有可能是胚胎后期促性腺激素刺激延迟，一过性的睾酮分泌下降的原因造成的，此外一些性染色体的异常都会造成小阴茎。
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