我们经常看到鱼儿在水里嘴巴不停的一张一合，其实是它们在呼吸。当然还有一种情况就是进食。
鱼类是用鳃呼吸的，它们在水中游动的时候就，每个鳃片、鳃丝、鳃小片都完全张开，使鳃和水的接触面积扩大，增加摄取水中所溶解的氧的机会。
在鳃小片中有微血管，这里的表皮很薄，当血液流过这里时就完成了气体交换，将带来的二氧化碳透过鳃小片的薄壁，送到水中；同时，吸取水中的氧，氧随血液循环输送到身体各部分去。由于口部和鳃盖的交替开闭，可以使水不断地由口进入口腔，经咽到达鳃腔，与鳃丝接触，然后由鳃孔排到外面，鱼类的呼吸作用就是在这个过程中完成的。
除了鱼鳃以外，有些鱼还可通过辅助器官进行呼吸，比如弹涂鱼还能依靠它们的皮肤和口腔黏膜，借着二者的呼吸作用来摄取空气中的氧气，从而在退潮的时候也能活下来；泥鳅可以将空气吞入到肠道中进行呼吸；非洲肺鱼不仅可以用鳃呼吸，同时还能用鱼鳔呼吸，鱼鳔的结构和肺部类似，在中央腔的周围有很多的小气室，就像肺泡一样，小气室内又有很多小气囊，从而可以储存氧气进行呼吸。
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