血吸虫肠病的治疗方法主要采用药物治疗，常用的药物有吡喹酮、硝硫氰胺及马洛替酯等，该病需要短期持续性治疗。
一、一般治疗
患者应保证卧床休息，多喝水，可对症进行退烧、止痛处理。
同时应加强营养，保证机体供给平衡，才能更好恢复。
高热、中毒症状严重者需要给予补液，以保证水和电解质平衡。
二、药物治疗
1、吡喹酮：为驱肠虫药，适用于各种血吸虫病，常见不良反应有全身性损害，表现为乏力、四肢酸痛、嗜酸性粒细胞增多症。
禁用于对本药或药物辅料过敏的患者，禁止同时应用细胞色素P450强诱导剂，如利福平。
2、硝硫氰胺：用于治疗急、慢性血吸虫病，临床上常用胶囊，心、脑、肾功能不全患者、妊娠期妇女禁用。
可引起共济失调及精神症状、有精神病患者禁用。
3、马洛替酯：用于代偿性肝硬化时肝功能的改善，少数患者可出现头痛、困倦、恶心、腹胀、口渴、皮疹、瘙痒、口炎等。偶有红细胞及白细胞减少、嗜酸粒细胞增加。
对本品过敏患者及血清转氨酶或胆红素明显增高的失代偿肝病患者忌用，孕妇、乳儿及小儿慎用或不用。
三、手术治疗
血吸虫肠病一般无手术治疗。
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