黄连素的一个副作用，通常具有对胃部造成刺激导致胃酸分泌量增多，出现胃部反酸的症状，还可能因此影响肠胃的消化功能，出现便秘，恶心，呕吐的症状，另外部分患者使用后会出现横纹肌溶解的现象，导致腿部出现疼痛感，还可能出现乳酸性酸中毒，另外长期的使用黄连素可能会对体内维生素的吸收造成影响，导致身体的免疫力下降。
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