通常所见的肛瘘多半是腺源性肛瘘即肛门直肠交界的齿状线部位有一个肛窦，里面有一个肛腺开口于齿状线上，细菌通过肛腺开口的位置进入的腺管，向肛门直肠周围的疏松间隙蔓延，引起继发感染，这是最常见的原因。除了这种原因之外，还有其他类型比如结核杆菌感染引起，患者曾经得过肺结核、肠结核，结核杆菌可通过腺管的开口继而引起肛周感染。这些病人往往有相关的结核病史，对于肛瘘病人，医生一般要询问患者有无结核病史，区分是腺源性肛瘘还是结核杆菌感染引起肛瘘。
除了以上两种病因外，还有炎症性肠病合并的肛周感染，炎症性肠病是非特异性的肠炎，包含有克罗恩病和溃疡性结肠炎这两大炎症性肠病。细菌在肛瘘的位置植入继而引起肛周感染，也可通过直肠的炎症，透壁引起直肠肛门周围疏松间隙的感染，这叫做炎症性肠病合并肛瘘。对于每个肛瘘的患者，首先从病原菌、发病的来源，以及发病的部位、范围，包括全身症状等所有的因素进行综合评估，才能够有效地去区分是何种类型的肛瘘。
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