阿米巴肝脓肿的治疗目前主张以内科综合治疗为主。
首先抗病原治疗是阿米巴肝脓肿治疗的最重要的方法，应该选用组织内杀阿米巴药，同时配合肠腔内的抗阿米巴药物，达到根治的目的。
硝基咪唑类的药物如甲硝唑，是目前国内外的首选药物，可以每次0.4克，每天3次，连用10天为一个疗程，重症患者可以选用甲硝唑静脉滴注，同时也可以考虑使用替硝唑。
对于有继发性细菌感染的患者，应该考虑酌情的使用对病原菌敏感的抗菌药物，通过积极的抗病原治疗，大多数的阿米巴肝脓肿是可以有效治愈的。
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