第一场尼罗河畔的原野。河上搭着桥。
随着埃及男女们所唱的欢迎合唱，把彭贝犹斯击垮的罗马大军，威风凛凛地渡过桥进场。最后是由罗马贵族们伴随凯撒的登场，埃及人都匍匐在他面前。
在木管和弦乐的最强奏引导下，凯撒雄赳赳地唱出光辉的快板咏叹调《把埃及的土地交给征服者》。
当变成宣叙调时，埃及人就起身了。这时彭贝犹斯之妻柯娜丽亚和儿子塞克司杜斯，走到凯撒面前。凯撒表示希望彼此和解，不料这时候，埃及将军阿季拉斯要奴隶们提着彭贝犹斯的首级进来，把它当作埃及王普特烈麦欧斯赠送凯撒的献礼。
柯娜丽亚和塞克司杜斯看到后，悲痛欲绝。不久塞克司杜斯就唱出发誓为父复仇的咏叹调：《愤怒呵，从我心底苏醒》，中段曾移到最缓板，但稍许改变模样返回开头主题后强有力地结束。
第二场 普特烈麦欧斯宫殿的大厅。
当管弦乐演奏轻快、利落的诙谐稍快板序引时，幕启，克莉奥佩特拉和尼烈奴斯登场。克莉奥佩特拉命令尼烈奴斯去访问凯撒的营地，请他前来接受埃及王的皇冠。
阿季拉斯偷听后告诉普特烈麦欧斯他说，凯撒对他杀死彭贝犹斯的处置极为愤怒，唆使他干脆把凯撒也杀了。他还要求说，事成之后想占有柯娜丽亚的肉体。
单独留在舞台上的普特烈麦欧斯，决心暗杀凯撒，并唱出了这段咏叹调：《恶人啊》，他说，希望以此确保自己的生命与王国。
第三场 在凯撒营地内的彭贝犹斯之墓。
这是用武器和战利品点缀的山形坟墓，当凯撒在墓前沉思时，克莉奥佩特拉穿着简朴的服装出现，然后跪下哭诉说：“我叫丽笛亚，是克莉奥佩特拉的侍女之一，我被残暴的普特烈麦欧斯夺去一切。”
凯撒立刻被她迷住，唱出了小抒情调《野花也没这么美、这么可爱》，他很亲切地安慰她。看着这情景的尼烈奴斯在凯撒离去后，和克莉奥佩特拉很愉快地表示已经把凯撒的心抓牢了。
这时，柯娜丽亚前来凭吊亡夫之墓，唱出悲痛的小抒情调《在你心中》，哀叹说她的瑰宝就在石棺里，表示她将和塞克司杜斯一起刺杀仇敌普特烈麦欧斯。
在阴暗处听到这消息的克莉奥佩特拉欣喜若狂，吐露出内强烈的愿望，说不久埃及的王位和凯撒的心都将属于她。这首咏叹甜美的《希望呵，你是我灿烂的星》，是一首无比轻巧优美的花腔女高音歌曲。
第四场普特烈麦欧斯宫殿中的宴会。
会场中灯光通明，为了款待凯撒而忙碌着。普特烈麦欧斯、阿季拉斯和埃及贵族们，都聚集台中央，忙着发号施令。
凯撒登场。普特烈麦欧斯致欢迎词时，在两人间浮现出一道黑云。接着，凯撒一边环视埃及人，一边乘在法国号曲调上，唱出讽刺小调猎人之歌：《渴望猎物时该静静地躲藏》。他看到国王腹部暗藏凶器，唱罢，就带着部下离去。
这时，柯娜丽亚和塞克司杜斯，就趁着黑雾潜入宫殿，不幸被阿季拉斯发现。尽管柯娜丽亚怒责普特烈麦欧斯可耻的背叛，塞克司杜斯勇敢的挑战，毕竟寡不敌众，这两位罗马母子，还是成为埃及人的俘虏。他们在唱过悲伤的二重唱《活在眼泪中》后，分别被带走了。 第一场 和宴会地点相接连的克莉奥佩特拉的阳台。
舞台两侧还有通到更高阳台的台阶，整个景色被埃及的月夜静静包围着。在缓板、F大调的交响曲中幕启。
这时在尼烈奴斯引导下，凯撒从下方走上来，由于听到上边阳台上奏着庆典音乐，于是驻足倾听。
接着，克莉奥佩特拉从上边登场，站在台阶的中段唱出著名的咏叹调《夜晚是蓝色的》她说：“夜晚是蓝色的，微风在摇曳。在苍天上闪烁的繁星是多么的美。妾身陷入爱的烈焰中，整个心如同在燃炽。血潮澎湃，我的心不断激烈地渴望着他。”在唱到这仰慕凯撒的段落时，她就在紧张又深刻的戏剧性表现中，充分发挥出女高音的美声技巧。
凯撒心中牢记尼烈奴斯的警告，知道普特烈麦欧斯暗中想背叛他。当他看到克莉奥佩特拉那迷人的丽姿与心声后，马上为之恍惚，情不自禁大加赞美，在两人爱的宣叙调后，凯撒终于明白丽笛亚其实就是克莉奥佩特拉本人。
因担心尼烈奴斯的忠告，克莉奥佩特拉急忙到外边察看一番，回来后告诉凯撒，敌人就要发动攻击的消息，促他尽快逃离。但凯撒却拔出利剑，勇敢地面对这情势，走下台阶。
单独留下的克莉奥佩特拉，在管弦乐伴奏下，唱出深切的思念之情。前面的宣叙调是：“哦，神啊，凯撒如果死了，克莉奥佩特拉也活不下去了。现在正是用钢铁武装心脏，完成复仇的时刻。可是，神啊，请你一定保护凯撒的身体。这是我的生命、我的希望、我的安慰。” 从这里开始，音乐转为最缓板、升F小调的咏叹调：《如果我的祷告》。
第二场普特烈麦欧斯的后宫。
当柯娜丽亚独自哀叹的时候，尼烈奴斯前来为她打气。不久，普特烈麦欧斯登场，他唱出一首“很快的快板”咏叹调，逼迫她充当自己的情妇，然后把她推倒在床上。这时，塞克司杜斯举起利剑赶来援救，但手上的剑，却被带来一群士兵的阿季拉斯夺走。
接着，阿季拉斯就向国王普特烈麦欧斯报告说，凯撒和他交战后，从巴可尼往海中跳下，很可能已经溺毙。国王听了非常高兴，和大伙儿一起离去。这时柯娜丽亚就鼓励儿子不要气馁，再接再厉，塞克司杜斯则唱出复仇的咏叹调《被激怒的蛇》，表示出强烈的决心。 第一场急板的交响曲是在描写战争的情景，其中小号和双簧管的音响，给人印象最深。
幕启。舞台是夕阳返照的亚历山大港海边。普特烈麦欧斯倔傲地挺立在中央，身边的克莉奥佩特拉则被武装土兵们所包围。这时姐弟两人已反目成仇。
克莉奥佩特拉哭泣着唱出咏叹调《因可悲的命运泪流满颊》。先是缓板悲痛的哀叹，中段变成快板，猛烈地进射出内心的感触：“即使死了，也会出现在普特烈麦欧斯的梦里，而且诅咒他”。接着又返回开头的曲凋，最后她被土兵们带走了。 晚霞又遍照海边，此时凯撒疲惫的站在拍浪的岸边。凯撒在宣叙调中叙述出游过惊涛骇浪、拾回性命的经过。然后在咏叹调：《吹过海洋的风呵求求你》中把思慕克莉奥佩特拉的深情倾吐出来：“吹过海洋的风呵，请你冷却我疲惫的额头。巨浪呵，请温柔地对我絮语。波涛呵，请为我带来幸福，治愈我的痛苦。巨浪呵！请告诉我她的消息，告诉我最亲爱的人在那里。”接着，暮霭更深，夜空中浮现出凯撒的幻像。凯撒注视着海浪，陷入沉思里。
这时，塞克司杜斯和因重伤濒临死亡的阿季拉斯一起登场。阿季拉斯说，他向柯娜丽亚吐露了爱情，他跟背叛破坏约定的普特烈麦欧斯决斗而负伤。就在临终之时，他从自己手指上拔下统率军队标志的戒指交给塞克司杜斯，请求他为自己报仇后便断气了。
听到这些话后，凯撒就走近塞克司杜斯，从年轻人手里拿过戒指，高唱着咏叹调《像瀑布般》，表示自己要替死者复仇，而且要像直泻的瀑布一样勇敢地战斗。而今敌人将在他铁蹄下呻吟，我要绝不容情地杀得他片甲不留。
第二场 普特烈麦欧斯的营地。
克莉奥佩特拉和侍女们被囚禁在这里。当她向伙伴们做最后的诀别时，听到有奇怪的声音。克莉奥佩特拉直觉是刺客来找她了，不料站在面前的却是凯撒。她由于高兴过度，连话都说不出来了。凯撒热情的拥抱着她。克莉奥佩特拉随即唱出快乐的咏叹调《从暴风雨中归来》。侍女们取来王妃的衣裳，穿上女王服装后，克莉奥佩特拉凛然地站在众人之前。
第三场 和第一幕第一场一样，是尼罗河畔的原野。
舞台上挤满了行进的罗马人，以及一大群埃及军队。罗马军的先锋是护民官柯利欧，最后是乘在胜利军车上英姿焕发的凯撒。埃及人进入天幕内把克莉奥佩特拉带出来，并引到凯撒面前。在群众之间，可以看到柯娜丽亚和塞克司杜斯母子。
堂皇的进行曲奏毕，柯利欧当众称赞凯撒是世界伟大国王、是罗马皇帝，而且报告说，塞克司杜斯终于代父复仇了。凯撒亲手把埃及的黄金王冠戴在克莉奥佩特拉头上。
在埃及人和罗马人年轻男女的芭蕾舞后，凯撒和克莉奥佩特拉唱出爱的二重唱，终曲是由克莉奥佩特拉、柯娜丽亚、塞克司杜斯、凯撒、克利欧和华丽的混声四部合唱开始的。中段夹着克莉奥佩特拉和凯撒的二重唱，再度变成全体的大合唱后，以最强音相互快乐地呼应，幕落。
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