治疗跖疣最佳的方法，一般指的是外用药物或物理治疗的方式进行。
由于疾病的出现是局部皮肤受到病毒感染导致的，患者可以在医生的指导下使用抗病毒、促进表皮剥脱、祛除疣体作用的药物进行患处皮的涂抹处理，通常可以使用水杨酸、维A酸类药物、干扰素、5%氟尿嘧啶等药物。
若是跖疣较小，就可以进行冷冻、电灼、激光、微波等物理治疗，能够促进疣体坏死脱落，从而达到治疗疾病的目的。
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