支原体感染是否严重，主要取决于感染的严重程度。例如支原体可以感染呼吸系统，形成支原体肺炎。对于轻度的支原体肺炎其病情并不严重，予以相应的抗感染治疗，疾病多能较快地痊愈；但如果是由支原体感染形成的重症肺炎，患者病情可以明显的加重，多需要加强抗感染和维护器官功能稳定等支持对症处理。
另外支原体也可以感染泌尿系统形成尿路感染，此时积极的予以相应的抗感染治疗，疾病也能控制和缓解。但如果未及时的发现，则可以产生相应的并发症，使病情变得严重。
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