肛瘘都是因为肛门周围感染造成，感染后先形成脓肿，脓肿形成以后，从直肠里破溃或从肛门外破溃。之后会形成各种瘘，比如形成盲瘘或完全性的瘘管。所以肛瘘的形成主要是肛周脓肿后遗疾患。
肛周脓肿与肛门部的解剖结构也有很重要的关系。因为肛窦肛门直肠交界处，有小的隐窝，会有脏残留物，残存到以后，在人劳累或者抵抗力下降，细菌会繁殖。因为肛窦里有肛腺管开口，会顺着肛腺感染到括约肌之间，最后形成肛门直肠周围间隙的感染，然后形成脓肿。或者脓肿切开以后，如果没有正确的处理内口，也会形成肛瘘。
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