就在王天培乘胜进军的时候，他却一连接到了蒋介石的两道紧急命令：一道是命他“停止北伐，火速回师讨逆。”另一道是密令他“捕杀军中共党分子。”
原来，此时的蒋介石和汪精卫眼见北伐即将全面胜利，为夺取中国的统治大权，他们先后发动了震惊人寰的“四·一二”和“七·一五”反革命政变，血腥屠杀共产党人和一切进步人士，之后又互相大打出手。这就是宁汉分裂。
革命尚未成功，蒋汪便迫不及待争权夺利。是可忍，熟不可忍?王天培拒绝了蒋介石的两道命令。他将军中共产党员和共青团员秘密送到安全之地，隐蔽起来。后来，这批共产党人大部参加了八一南昌起义。之后，王天培公开发表了《告本军全体武装书》：亲爱的武装同志们，我们已经消灭了北洋军阀大部主力，北伐成功的日子已为期不远。而在此大好形势下，我革命阵营内发生了不该发生的权力之争，致使北伐停止。对此，我全体同志务必要有清醒认识：北洋军阀投靠帝国主义，出卖中华，荼毒民众，乃为中华民族之死敌，我们应该坚决消灭之，而不应该回头打内战。”王天培坚持国共合作，捍卫三民主义，掩护共产党人，拒绝回归内战，坚持北伐，对此，蒋介石恨得咬牙切齿。他决心要排除异己了。于是，蒋介石使出的第一招便是密命总部扣发十军粮饷。企图以此使第十军陷入饥馑而土崩瓦解。这时，北洋军阀见蒋汪大战，乘机反攻。王天培孤军奋战，粮饷无着，面对敌人的猖獗反攻，在延绵数百里的战线上与敌人反复争夺，终因寡不敌众，牺牲惨重，最后徐州失手。
这个时候，宁汉分裂演变为宁汉合流，蒋介石斗败了汪精卫，方才出兵北伐，亲率第一军、四十四军、三十七军、三十二军以及被他称为王牌的陈诚教导师，分兵三路，来夺徐州。 蒋介石反攻徐州，志在必得，然而由于他指挥失误，而招致大败，敌乘势发起全面反击，蒋介石全线溃退，逃回南京。王天培被迫退至定远、明光一线。逃回南京的蒋介石佯令王天培死守明光。
蒋介石兵败徐州，损失重大，引来一片责难。为了开脱自己，他将徐州兵败的责任一古脑儿推给了王天培。就在他逃回南京之后，即1927年8月8日，蒋介石电召王天培赴南京“面商机宜。”王天培不知蒋介石嫁祸于人，遵命前往，一到南京，即被扣留。被扣的罪名有这么三条：“一是不听指挥贻误战机导致徐州兵败；二是隐兵不报图谋不轨；三是克扣军饷动摇军心。” 蒋介石罗织罪名扣押王天培，其目的是为了灭除异己，但结果欲盖弥彰，招来许多非议。那时，共产党人已在蒋汪之流的血腥屠杀中开始觉醒，认识到枪杆子里面出政权的道理。于是向国民党反动派宣战的“八一”南昌起义爆发。纠正党内右倾投降主义路线的“八·七”会议召开了。张太雷、毛泽东等雄才大略的共产党人分别在各地筹备武装起义，以武力推翻国民党反动派统治的斗争风起云涌。北洋方面，也趁着这个时候先驱直人，打过长江，直逼南京。白崇禧、李宗仁以及一向被蒋介石视为心腹的何应钦，趁机联手逼宫倒蒋。蒋介石内外交困，就在扣押王天培不久，即于1927年8月13日，无可奈何地宣告下野，去了奉化老家。
然而，蒋介石虽已下野，但国民党中那些代表帝国主义、大地主、大资产阶级利益的右派分子，却容不得像王天培这样倾向共产党，坚决捍卫孙中山三民主义的党国将领，于是，南京军事委员会以“送王将军去西湖疗养”为名，将王天培秘密转往杭州。于1927年9月2日凌晨将王天培秘密杀害于杭州西湖。是年，王天培39岁。
名将被害，全国哗然。王天培遇害后，当时的《武汉晚报》、《铁嘴报》、《湖口快报》等宣传媒体相继发表文章，皆为王天培鸣冤叫屈。其中有《莫须有三字何以服天下》为题的文章，详尽地叙述了徐州兵败的详情，公开揭露了蒋介石之流排除异己的真实内幕。王天培遗孀朱竹君、吴学粹（又名吴德华）痛失夫君，为夫鸣冤。她们在致国民政府的辩冤状中以无可辩驳的事实说明了王天培的冤情，强烈要求为王天培昭雪。
但是，面对各报的呼吁及朱竹君、吴学粹的辩冤状，国民党政府一概置之不理。于是，人们便自发地数次组织起来为王天培举行追悼会。
1927年，第十军部分军官及亲友将王天培遗骨启迁上海，首次于上海法租界举行公开追悼会。其中有联云：“伤心二字莫须有，回首一棺归去来。”
1928年冬，接任十军军长之职的杨胜治率部攻下南京，在荣安追悼王天培及十军所有阵亡将士。
迫于种种压力，国民政府不得不于1931年8月5日为王天培昭雪，闪烁其辞地说王天培的死乃“有人妒贤嫉能，谗言惑上。”承认王天培“蒙冤受害”，表示“悼惜良涕”。表彰王天培“忠勇双全，夙娴韬略，历著当勋。”追授他为陆军上将，“给恤其家属二十年，每年领洋八百元。”
1929年10月，人们又将王天培遗骸由上海启迁天柱，安厝于距天柱县城不远的铜鼓坡。王天培遗骸临近天柱时，全城士、绅、农、工、商、学生及亲友皆披麻戴孝，夹队迎柩。追悼会上。挽联如云，满城恸哭。“革命十六年，功在东南半壁；牺牲成一旦，名留竹帛千秋。”“北伐苦功，中国有几，中央有几；血战徐州，天下一人，天柱一人。”“血战徐州纵横扫荡三千里；魂归桑梓泪落满城百万家”。“叱咤一声惊万马，风波千里哭长亭。”
数不尽的挽联，寄托了人们对一代名将的无限哀思，表达了人们对刽子手们的刻骨之恨。其悼文日：昔岳飞遭秦桧之害，被十二道金牌召去，惨死于杭，时年三十九岁。今将军生于戊子年十二月，被害于丁卯九日，亦三十九岁。奸党之害，列事之惨，惨死之年之地，均与岳王相同，真前有岳王，后有将军也……”
王天培被蒋介石扣留之时，曾面对蒋介石的所谓审讯斥责蒋介石：“得道者得天下，失道者失天下，古今中外，概莫能外，总司令好自为之!”这句话终于为时间所印证，短暂二十多年后，蒋公贸然因为失道而失天下，梦破金陵，亡命海岛。而闪耀着爱国主义光芒的王天培将军却虽死犹存，人们永远怀念他。
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