核医学部成立于1991年，为南京市、江苏省重点专科，南京医科大学重点学科。为南京医科大学、东南大学核医学硕士学位、博士学位授予点。在国内第一家通过国家ISO17020质量管理体系认可。现有教授3名，副教授2名，其中博士导师1名，硕士导师2名。
经过多年年的努力，本学科已成为专业设置齐全、技术力量雄厚、学术梯队结构合理、发展方向明确并具有特色，在省内外具有较大影响的学科，现为中华医学会南京核医学分会和江苏核医学专业委员会主任委员单位。
核医学部常规进行甲亢、甲癌、转移性骨肿瘤的治疗等核素显像与治疗等项目，同时拥有标准的核医学治疗病房，在各专科疾病诊断方面具有独特优势。
拥有双探头符合线路SPECT和诊断级SPECT/CT各一台，能对肿瘤原发灶及全身转移灶进行定位定性诊断，并能对冠心病心肌缺血程度、范围及心肌细胞存活情况有效评估。今年又引进了具有诊断级CT的新型SPECT/CT，能够多功能复合成像系统，图像清晰，实现了功能和诊断级解剖图像的相融合，有助于疾病的早期诊断，从而达到尽早准确诊断疾病的目的。
核医学部还购置了先进的双能X线骨密度吸收仪(DXA)，最优化扫描采集确保检测结果精确、可靠、迅速和低剂量，可在体外、无创伤、快速和精确检测腰椎、股骨近端等各部位骨密度。并拥有有E-Sea乳腺血氧检查仪，采用近红外线及血氧功能成像和三算子数字技术，为乳腺疾病的诊断提供重要参数。
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