不同杂交组合对其子代群体间性状差异作用的能力。不同亲本间有不同的组合能力。利用杂种优势的作物，选配亲本时就要涉及到不同组合间的配合力问题。配合力分为一般配合力（general combining ability）和特殊配合力（specific combining ability）。一般配合力是指一个亲本品种与其它许多品种的一系列杂交组合子代性状平均值。例如A品种和其它B、C、D、E等品种杂交后，子代产量都比较高，表示A品种有较高的一般配合力。特殊配合力是指一个品种A和其它B、C、D、E等品种杂交后所得只有一个组合AB的产量性状平均值较高，其它组合如AC、AD、AE的子代一般或较低，这种AB组合表现的能力即为特殊配合力高。
配合力大小是杂交组合中各性状配合能力的指标，可以作为选择杂交亲本品种和选配杂交组合的依据。一般配合力主要由亲本品种中基因的加性效应决定的，而特殊配合力则主要是由亲本品种间基因的非加性效应（包括显性效应和上位性效应）所控制。一般配合力反映了亲本品种把性状传递给后代群体的能力，可以在品种之间进行比较，以选择最佳的杂交亲本；特殊配合力反映了特定亲本组合产生杂种优势的潜在能力，据此可以选配最佳的组合。根据配合力选择选配杂交组合，以获得杂种优势子代的育种，称为配合力育种。
群体的一般配合力方差（δ2g）和特殊配合力方差（δ2s）占总遗传方差的百分数，可以表明两种配合力在群体性状遗传上的相对重要性，是研究群体性状的遗传构成和群体性状的选择方法的理论依据。
根据亲本一般配合力波动方差（δ2gi）可以估计亲本的杂交后代在不同年份、不同地点或不同年份和地点表现性状的稳定性程度，如果δ2gi大，表示i亲本的杂交后代性状表现不稳定。根据亲本特殊配合力波动方差（δ2si）的大小，可以比较各亲本性状在各杂交组合中将性状传递给子代表现整齐性的程度。如果δ2si小，表示i亲本品种能将性状整齐地传递给各杂交组合的后代。
通过亲本配合力的分析，可以估计其有关性状在杂种优势利用上的价值：①如亲本某性状的一般配合力小，且特殊配合力波动方差小，且这亲本的该性状在杂种优势利用上就没有价值；②如亲本该性状的一般配合力高，而特殊配合力波动方差小，则该亲本能将该性状整齐地传递给杂交组合的后代；③如亲本该性状一般配合力高，但特殊配合力波动方差大，则当该亲本与其它品种杂交，在某些组合后代表现特优，而另一些组合后代则表现特差。因此，通过对亲本一般配合力和特殊配合力波动方差的估算，便可以有预见性地选择杂交亲本品种和选配杂交组合。再对各杂交组合特殊配合力进行比较，就可以从中选出最优组合，以达到正确利用杂种优势的目的。
通过配合力分析，可以在一定程度上了解影响性状的遗传组成。据此可以选择最有效的育种方法。如某品种某性状的一般配合力极显著，而特殊配合力不显著，表明该性状主要由基因的加性效应所控制，因此以选育纯合品种比利用杂种优势更有价值。如某些性状主要由基因非加性效应所控制，则以利用杂种优势比选育纯合品种对实际生产的潜力更大。
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