脑部磁共振可以用于诊断脑梗死、脑炎、脑肿瘤、颅脑先天发育畸形、颅脑外伤等等，由于头部磁共振可以提供矢状位、冠状位和横位三维的图像，图像清晰度高，对人体无放射性的损害，同时可以清楚的显示脑干和后颅窝的病变，因此被广泛用于脑部疾病的诊断。
头部磁共振平扫可以诊断上述梗死、炎症、肿瘤、外伤、先天发育畸形，另外脑部磁共振还有动脉成像，可以用于诊断颅内动脉的狭窄、动脉瘤、动静脉畸形等。颅内磁共振静脉成像可以诊断静脉窦血栓或静脉窦的狭窄病变，头部磁共振增强可以显示炎症或肿瘤，帮助鉴别，头部磁共振磁敏感成像有助于诊断脑部的微出血等等。
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